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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 : 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
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2025-04-07 13:55:17, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます(ミスマッチ挿入欠失

CA00-XX-IC1-001-G02-EC.F Coffea arabica IC1 Coffea arabica cDNA clone CA00-XX-IC1-001-G02-EC, mRNA sequence.
GW461969.1:249-271
ATACTTCTCCTTACCTTTCTGTGACCATTT249GCTGCCAGAAAAATGTTGCAGTGAGCTCTTTCCCCTTACCTATACGTGTGCAT
CA00-XX-FR2-083-G05-EQ.F Coffea arabica FR2 Coffea arabica cDNA clone CA00-XX-FR2-083-G05-EQ, mRNA sequence.
GW489421.1:197-219
ATACTTCTCCTTACCTTTCTGTGACCATTT197GCTGCCAGAAAAATGTTGCAGTGAGCTCTTTCCCCTTACCTATACNTGTGCAT
CPCM-11 Coffee microsatellite sequence Coffea canephora STS genomic, sequence tagged site.
BV722912.1:407-429
ATACTTCTCCTTACCTTTCTGTGACCATTC407GCTGCCAGAAAAATGTTGCAGTGAGCTCTTTCCCCTTAACCTATACGTGTGCA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/GCTGCCAGAAAAATGTTGCAGTG
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : GCTGCCAGAAAAATGTTGCAGTG | format : html | download : | debug :

0.009 | 0.009 | search_start;
0.287 | 0.278 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GCTGCCAGAAAAATGTTGCAGTG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.301 | 0.014 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CACTGCAACATTTTTCTGGCAGC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=47
0.301 | 0.000 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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