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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-03-14 18:18:42, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

RS3AB74TF RS3(RT) Raphanus sativus cDNA 5', mRNA sequence.
EW732635.1:192-211
TCCGGTTAAGAACCCTTCCCGCCGCCGCGT192AGACCTCCGCTTACCTCTCCCTCAGCGCGACGTCTCCCTCGCCGTCCCTC
RS3AQ02TF RS3(RT) Raphanus sativus cDNA 5', mRNA sequence.
EW733299.1:192-211
TCCGGTTAAGAACCCTTCCCGCCGCCGCGT192AGACCTCCGCTTACCTCTCCCTCAGCGCGACGTCTCCCTCGCCGTCCCTC
Raphanus sativus mRNA, clone: RSCF05K10, 5' end sequence.
FY429237.1:203-222
TCCGGTTAAGAACCCTTCCCGCCGCCGCGT203AGACCTCCGCTTACCTCTCCCTCAGCGCGACGTCTCCCTCGCCGTCCCTC
Raphanus sativus mRNA, clone: RSCS07B09, 5' end sequence.
FY448293.1:202-221
TCCGGTTAAGAACCCTTCCCGCCGCCGCGT202AGACCTCCGCTTACCTCTCCCTCAGCGCGACGTCTCCCTCGCCGTCCCTC
Raphanus sativus genome assembly, chromosome: 9.
LR778318.1:1998980-1998999
TCCGGTTAAGAACCCTTCCCGCCGCCGCGT1998980AGACCTCCGCTTACCTCTCCCTCAGCGCGACGTCTCCCTCGCCGTCCCTC
TSA: Raphanus sativus var. sativus RNA, contig: WG3_2988.
FX659519.1:1200-1219
GAGGGACGGCGAGGGAGACGTCGCGCTGAG1200GGAGAGGTAAGCGGAGGTCTACGCGGCGGCGGGAAGGGTTCTTAACCGGA
Raphanus sativus genome assembly, chromosome: 8.
OY743205.1:26895302-26895321
GAGGGACGGCGAGGGAGACGTCGCGCTGAG26895302GGAGAGGTAAGCGGAGGTCTACGCGGCGGCGGGAAGGGTTCTTAACCGGA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/AGACCTCCGCTTACCTCTCC
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AGACCTCCGCTTACCTCTCC | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.543 | 0.534 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=AGACCTCCGCTTACCTCTCC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.658 | 0.115 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GGAGAGGTAAGCGGAGGTCT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=45
0.659 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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