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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-03 15:41:36, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

GR__Eb0036M04.r GR__Eb Gossypium raimondii cDNA clone GR__Eb0036M04 3', mRNA sequence.
CO106217.1:165-184
TGTTCACAAAACTTCATTCACAAGTTCTTC165AGCTTGTCTCCTTTTGGCTACATTTTAGTAAACTACCCAAAGTTTGTATG
Gossypium raimondii isolate D5-4 chromosome D5_01.
CP032553.1:49642205-49642224
TGTTCACAAAACTTCATTCACAAGTTCTTC49642205AGCTTGTCTCCTTTTGGCTACATTTTAGTAAACTACCCAAAGTTTGTATG
Capsella bursa-pastoris isolate WGS_leaf chromosome 4.
CP144186.1:19045616-19045635
AGGAGGTACTTTCGCTGGTCATAGTAGCTA19045616AGCTTGTCTCCTTTTGGCTAGGAGGTAATTTTTGAAGTGTACTTACTTCT
Capsella bursa-pastoris isolate WGS_leaf chromosome 12.
CP144194.1:20580232-20580251
AGGAGGTACTTTCGCTGGTCATAGTAGCTA20580232AGCTTGTCTCCTTTTGGCTAGGAGGTAATTTTTGAAGTGTACTTACTTCT
Hordeum vulgare subsp. vulgare genome assembly, chromosome: 7H.
LR828194.1:286141343-286141362
GCAGGGTGCGGGGCTGGCATGGTGCTCACT286141343TAGCCAAAAGGAGACAAGCTTCGCTATGCGGTCCAGTTGTCCTTCCGGTT
Hordeum vulgare genome assembly, chromosome: 7H.
OX638755.1:282933672-282933691
GCAGGGTGCGGGGCTGGCATGGTGCTCACT282933672TAGCCAAAAGGAGACAAGCTTCGCTATGCGGTCCAGTTGTCCTTCCGGTT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/AGCTTGTCTCCTTTTGGCTA
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AGCTTGTCTCCTTTTGGCTA | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.208 | 0.199 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=AGCTTGTCTCCTTTTGGCTA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.305 | 0.097 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=TAGCCAAAAGGAGACAAGCT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=46
0.306 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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