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データベース:

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 : 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 +方向のみ検索 -方向のみ検索

2025-04-05 21:39:04, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます(ミスマッチ挿入欠失

TSA: Allium cepa CUDHLF2_12180 mRNA sequence.
JR854998.1:372-394
GCGCTAAAATTAAAATTATGTTTAGAAACT372AGGATCTTTTGCAATCCTCTTTTAAGTCTTCCAATACTTGTTGCGGTAAATCT
MAG: Candidatus Brocadia sp. isolate AM9 chromosome, complete genome.
CP091279.1:1650078-1650100
GAGAACGGCACGGTAACCATCGGGGCATGT1650078AAAAGAGGATTGCAAAAGATCCTGGAACTTTTTGACATCTATGATATAGACGC

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/AGGATCTTTTGCAATCCTCTTTT
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AGGATCTTTTGCAATCCTCTTTT | format : html | download : | debug :

0.009 | 0.009 | search_start;
0.316 | 0.307 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=AGGATCTTTTGCAATCCTCTTTT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.426 | 0.110 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=AAAAGAGGATTGCAAAAGATCCT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=49
0.427 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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