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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-03 13:02:34, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

TSA: Pyrus x bretschneideri Unigene49891_XinShao mRNA sequence.
JR639863.1:249-271
ATTTGGGATTTTGTAGGATTAGTATATATA249AGGGAGGAGATTAAGTGGCGTAGTGGGAAGGGATGATGGCACCAAGTGAAGAA
Pyrus pyrifolia cultivar Housui mRNA, clone: TsuENH007_00993m, 5' end sequence.
AB450695.1:160-182
TTCTTCACTTGGTGCCATCATCCCTTCCCA160CTACGCCACTTAATCTCCTCCCTTATATATACTAATCCTACAAAATCCCAAAT
Pyrus pyrifolia mRNA, clone: NFR1_17_42, 5' end sequence, expressed in fruit.
HX747031.1:84-106
TTCTTCACTTGGTGCCATCATCCCTTCCCA84CTACGCCACTTAATCTCCTCCCTTATATATACTAATCCTACAAAATCCCAAAT
Pyrus pyrifolia mRNA, clone: NFR4_08_23, 5' end sequence, expressed in fruit.
HX754338.1:22-44
GGGTGCCATCATCCCTTCCCA22CTACGCCACTTAATCTCCTCCCTTATATATACTAATCCTACAAAATCCCAAAT
Pyrus pyrifolia mRNA, clone: NFR4_08_24, 5' end sequence, expressed in fruit.
HX754339.1:22-44
GGGTGCCATCATCCCTTCCCA22CTACGCCACTTAATCTCCTCCCTTATATATACTAATCCTACAAAATCCCAAAT
TSA: Pyrus pyrifolia mRNA, contig: contig_3173.
FX396278.1:84-106
TTCTTCACTTGGTGCCATCATCCCTTCCCA84CTACGCCACTTAATCTCCTCCCTTATATATACTAATCCTACAAAATCCCAAAT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/AGGGAGGAGATTAAGTGGCGTAG
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AGGGAGGAGATTAAGTGGCGTAG | format : html | download : | debug : 

0.008 | 0.008 | search_start;
0.192 | 0.184 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=AGGGAGGAGATTAAGTGGCGTAG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.532 | 0.340 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CTACGCCACTTAATCTCCTCCCT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=49
0.536 | 0.004 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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