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データベース:

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 : 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 +方向のみ検索 -方向のみ検索

2025-04-03 15:22:51, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます(ミスマッチ挿入欠失

TSA: Penaeus monodon contig_13378.Pemomix mRNA sequence.
JR203408.1:81-100
AGAAACCACTTGAAAAAAAAAACAAGCTAC81CACATTCACCTGTAAAATCTGCTAACTTGTAGAAGCTACTTAATTGTAAC
Agriphila geniculea genome assembly, chromosome: 10.
OX038879.1:23278488-23278507
TTGAAACTTACCAAAGAAATGTACATGTGT23278488CACATTCACCTGTAAAATCTATAGCCCTGGGGCTATTAGGTATTTTGTGA
Rhinatrema bivittatum genome assembly, chromosome: 18.
LR584404.1:10096280-10096299
GTGTTTTGCCAAGTTTTCGCATCGATGTCA10096280AGATTTTACAGGTGAATGTGAGAGGATGGGGCCGGGAGCAGAGTCAGATA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/CACATTCACCTGTAAAATCT
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : CACATTCACCTGTAAAATCT | format : html | download : | debug :

0.009 | 0.009 | search_start;
0.339 | 0.331 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CACATTCACCTGTAAAATCT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.425 | 0.086 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=AGATTTTACAGGTGAATGTG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=48
0.426 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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