GGGenome Help | English

データベース：
 

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-03 13:21:47, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Trifolium pratense DNA, clone:RC0475f.ab1.
DE245477.1:288-307
GAAGTTTTTTAAACAACAAAAGTTCTTAAA288CATTCAAAACCCAACCTTGATTACACACACACACACACACATAGAAGTGA
Orthosia gothica genome assembly, chromosome: 5.
OX459038.1:15261088-15261107
GTGCCGACTTTACTTGAACGGATATCATTA15261088CATTCAAAACCCAACCTTGATGAACCTTGCCTTACATCCGGTAATAAACT
Acrobasis repandana genome assembly, chromosome: 12.
OY756226.1:1193610-1193629
CCACAAAATCCTAAATACCACACTACCTTA1193610CATTCAAAACCCAACCTTGATTTGAATAGCATAGAGTTAGAAGTCGTGTA
Alisma plantago-aquatica genome assembly, chromosome: 2.
OY856410.1:312607346-312607365
TGACATGAAATGAAATTTTCTAAAAGTGAC312607346TCAAGGTTGGGTTTTGAATGTGACTGAAGCTTGTTGAAATTCCAATTTCC

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/CATTCAAAACCCAACCTTGA
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : CATTCAAAACCCAACCTTGA | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.185 | 0.176 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CATTCAAAACCCAACCTTGA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.277 | 0.092 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=TCAAGGTTGGGTTTTGAATG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=47
0.278 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).