GGGenome Help | English

データベース：
 

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-03 12:59:39, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

BOGTG32TF BOGT Brassica oleracea genomic clone BOGTG32, genomic survey sequence.
BH543628.1:523-548
TTTTTGCAGTGATCTTGTTAAATCGGTTAT523CCAAGGTTTTCTTCCTGGGATCGTGTTAAAGCTCTTTATAATATTTCTGCCAAGCA
BONHA56TF BO_1.6_2_KB_tot Brassica oleracea genomic clone BONHA56, genomic survey sequence.
BZ443448.1:452-477
TTTTTGCAGTGATCTTGTTAAATCGGTTAT452CCAAGGTTTTCTTCCTGGGATCGTGTTAAAGCTCTTTATAATATTTCTGCCAAGCA
Brassica napus genome assembly, chromosome: C05.
HG994369.1:6011425-6011450
TTTTTGCAGTGATCTTGTTAAATCGGTTAT6011425CCAAGGTTTTCTTCCTGGGATCGTGTTAAAGCTCTTTATAATATTTCTGCCAAGCA
Brassica oleracea HDEM genome, scaffold: C5.
LR031877.1:5881367-5881392
TTTTTGCAGTGATCTTGTTAAATCGGTTAT5881367CCAAGGTTTTCTTCCTGGGATCGTGTTAAAGCTCTTTATAATATTTCTGCCAAGCA
Brassica napus cultivar Xiang5A chromosome 11.
CP123886.1:53304021-53304046
TGCTTGGCAGAAATATTATAAAGAGCTTTA53304021ACACGATCCCAGGAAGAAAACCTTGGATAACCGATTTAACAAGATCACTGCAAAAA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/CCAAGGTTTTCTTCCTGGGATCGTGT
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : CCAAGGTTTTCTTCCTGGGATCGTGT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.196 | 0.187 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CCAAGGTTTTCTTCCTGGGATCGTGT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.283 | 0.087 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=ACACGATCCCAGGAAGAAAACCTTGG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=46
0.283 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).