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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-03-14 21:01:47, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

RS3D702TF RS3(RT) Raphanus sativus cDNA 5', mRNA sequence.
EY946724.1:244-263
CCAACACTGGTGCGTCGAGAATGCAACGCG244CGGCGTTGTTAGAATCCCTACCCCTAGAGCTCCTCCAGGGAAGCTTAACA
Raphanus sativus mRNA, clone: RSCS07B04, 5' end sequence.
FY448288.1:219-238
CCAACACTGGTGCGTCGAGAATGCAACGCG219CGGCGTTGTTAGAATCCCTACGCCTAGAGCTCCTCTAGGGAAGCTTAACA
Raphanus sativus genome assembly, chromosome: 4.
LR778313.1:39514005-39514024
CCAACACTGGTGCGTCGAGAATGCAACGCG39514005CGGCGTTGTTAGAATCCCTACGCCTAGAGCTCCTCTAGGGAAGCTTAACA
TSA: Raphanus sativus var. sativus RNA, contig: WG3_18163.
FX671357.1:1221-1240
TGTTAAGCTTCCCTAGAGGAGCTCTAGGCG1221TAGGGATTCTAACAACGCCGCGCGTTGCATTCTCGACGCACCAGTGTTGG
TSA: Brassica rapa x Raphanus sativus RNA, contig: BB3_40978.
FX793609.1:991-1010
TGTTAAGCTTCCCTAGAGGAGCTCTAGGCG991TAGGGATTCTAACAACGCCGCGCGTTGCATTCTCGACGCACCAGTGTTGG
TSA: Raphanus sativus RS18253 mRNA sequence.
JT802800.1:1277-1296
TGTTAAGCTTCCCTAGAGGAGCTCTAGGCG1277TAGGGATTCTAACAACGCCGCGCGTTGCATTCTCGACGCACCAGTGTTGG
Raphanus sativus genome assembly, chromosome: 5.
OY743211.1:4518945-4518964
TGTTAAGCTTCCCTAGAGGAGCTCTAGGCG4518945TAGGGATTCTAACAACGCCGCGCGTTGCATTCTCGACGCACCAGTGTTGG

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/CGGCGTTGTTAGAATCCCTA
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : CGGCGTTGTTAGAATCCCTA | format : html | download : | debug : 

0.008 | 0.008 | search_start;
0.416 | 0.407 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CGGCGTTGTTAGAATCCCTA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.551 | 0.135 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=TAGGGATTCTAACAACGCCG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=47
0.553 | 0.003 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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