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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-03-14 18:31:00, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Raphanus sativus mRNA, clone: RSCF19E11, 5' end sequence.
FY432701.1:175-194
TTGTACTTCATGTGGAAGTAAACTCTCTCT175CGTAGCTCAGGTTTATGCCCCAATCTCAGCTGAAAACTCGGAACGTACTC
Raphanus sativus mRNA, clone: RSCS12A19, 5' end sequence.
FY450023.1:172-191
TTGTACTTCATGTGGAAGTAAACTCTCTCT172CGTAGCTCAGGTTTATGCCCCAATCTCAGCTGAAAACTCGGAACGTACTC
Raphanus sativus genome assembly, chromosome: 5.
OY743211.1:37662845-37662864
TTGTACTTCATGTGGAAGTAAACTCTCTCT37662845CGTAGCTCAGGTTTATGCCCCAATCTCAGCTGAAAACTCGGAACGTACTC
Euphorbia peplus chromosome 7.
CP110843.1:23862618-23862637
TTTCAACTGTGAAGTTTCCACTAGAAACTG23862618GGGCATAAACCTGAGCTACGAGACAAAGCTTTCTTCCACAGACGCCACAA
Raphanus sativus genome assembly, chromosome: 4.
LR778313.1:6370105-6370124
GAGTACGTTCCGAGTTTTCAGCTGAGATTG6370105GGGCATAAACCTGAGCTACGAGAGAGAGTTTACTTCCACATGAAGTACAA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/CGTAGCTCAGGTTTATGCCC
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : CGTAGCTCAGGTTTATGCCC | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.494 | 0.485 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CGTAGCTCAGGTTTATGCCC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.636 | 0.142 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GGGCATAAACCTGAGCTACG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=47
0.638 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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