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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-03 14:01:40, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Dianthus caryophyllus mRNA, clone: CES07M01, 5' end sequence.
FY385028.1:468-487
GTTAATGGATTAGTCCCTAATACTGTCGTC468GAAGATGTTTTCGGGGTTGAGGATGAGGAGGGAAATAACAAAGGGCACTC
TSA: Dianthus caryophyllus mRNA, contig: CAK09.627.C1.
FX297815.1:467-486
GTTAATGGATTAGTCCCTAATACTGTCGTC467GAAGATGTTTTCGGGGTTGAGGATGAGGAGGGAAATAACAAAGGGCACTC
Urtica urens genome assembly, chromosome: 2.
OY282521.1:10927969-10927988
TCGAAAAGCTTGTAATCTTCGTGTGAACCC10927969GAAGATGTTTTCGGGGTTGAGCAAACCTTGCACGGTCGAACTGGTCGCTT
Melangyna quadrimaculata genome assembly, chromosome: 1.
OX439483.1:66331905-66331924
GCTTTTTACTCGAACCAAATCATTTTTTTT66331905TCAACCCCGAAAACATCTTCTAAGCAATGCAGGGCGGTTGCCGATGATAA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/GAAGATGTTTTCGGGGTTGA
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : GAAGATGTTTTCGGGGTTGA | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.245 | 0.236 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GAAGATGTTTTCGGGGTTGA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.347 | 0.103 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=TCAACCCCGAAAACATCTTC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=47
0.348 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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