GGGenome Help | English

データベース：
 

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-03 16:00:48, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Chionomys nivalis genome assembly, chromosome: 8.
OX465456.1:45346631-45346650
ATGGCCTCTGCGTGACTGGCTCTCTACCAG45346631GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGTGGGGGCGGCAGTATTTTAAGTATGAGAA
Muscardinus avellanarius genome assembly, chromosome: 2.
OY726558.1:178948932-178948951
AGGCCATGATTTGGGAGAGGCAAATTGGCG178948932GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGCAGAGGCGGCGGAGGCTAGTAT
Sarcophilus harrisii genome assembly, chromosome: 4.
LR735557.1:435690652-435690671
TTGACTGGGCAAAGGAAGGTGAGTCACAGG435690652GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGAATGCTTGGGTGGTGATGAGTAACGGAGG
Bufo bufo genome assembly, chromosome: 1.
LR991667.1:264406563-264406582
TGGGAAAATAATTCCTCTGACTCGAGTGGA264406563GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTCTTTGGGGGTGCACACAGCAGA
Bufo bufo genome assembly, chromosome: 5.
LR991671.1:189909845-189909864
AGTAAAATAATTCCTCTGACTCGAGTGGAG189909845GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGTGTCTTTGGGGGTGCACACAGCAAAAAT
Bufo bufo genome assembly, chromosome: 7.
LR991673.1:57631327-57631346
TGGGAAAATAATTCCTCCCACTCGAGTGGA57631327GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGTCTTTGGGGGTGCACACATCAGAGAGTGA
Bufo bufo genome assembly, chromosome: 7.
LR991673.1:233537508-233537527
TGGGAAAATAATTCCTCTGACTCGAGTGGA233537508GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGTCTTTGGGGGTGGACACAGCAGAGTGTGA
Bufo bufo genome assembly, chromosome: 8.
LR991674.1:8004087-8004106
GGCGGTAATGGTCTGGTCTCCTTCACTAGG8004087GAAGCTATGGTGGTGGTGGTCTGGTCTCCTCCAGTGAGGAAGAGTAGGGA
Bufo bufo genome assembly, chromosome: 8.
LR991674.1:8336186-8336205
TGGGAAAATAATTCCTCTGACTCGAGTGGA8336186GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGTATTTGAGGGTGCACACAGCAGAGAGTGA
Acipenser ruthenus genome assembly, chromosome: 47.
OV737728.1:5618030-5618049
TCCTCTTTTAATTTTCAGGTGGTGGAGACA5618030GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGCGGCCGTTTTGATAGCCAGCGAAGCGGT
Acipenser ruthenus genome assembly, chromosome: 49.
OV737730.1:6040233-6040252
TCCTCTTTTAATTTTCAGGTGGTGGAGACA6040233GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGTGGCGGCCGTTTTGATAGCCAGCGAAGC
Acipenser ruthenus genome assembly, chromosome: 47.
OV754655.1:5518466-5518485
TCCCCTTTTAATTTTCAGGAGGTGGAGACA5518466GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGCGGCCGTTTTGATAGCCAGCGAAGCGGT
Acipenser ruthenus genome assembly, chromosome: 49.
OV754657.1:5105695-5105714
TCCTCTTTTAATTTTCAGGTGGTGGAGACA5105695GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGCGGCCGTTTTGATAGCCAGCGAAGCGGT
Trifolium pratense cDNA clone:RCC06824.
BB934225.1:350-369
AGCGTGGTGGAGGTGGTTATGTCGGTGGAG350GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTCATGGAGGTGGTGGC
AGENCOURT_15100629 NICHD_XGC_Emb6 Xenopus tropicalis cDNA clone IMAGE:6995089 5', mRNA sequence.
CF239586.1:807-826
GTGGCAGCCCTCCATACTCTGGGGGTAACA807GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGCCAAGGGCTATGGAGGGTGGCCAAAGAA
AGENCOURT_15157427 NICHD_XGC_Emb6 Xenopus tropicalis cDNA clone IMAGE:6991287 5', mRNA sequence.
CF264063.1:816-835
GTGGCAGCCCTCCATACTCTGGGGGTAACA816GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGCCAAGGCTATGGAAGTGGGCCAAGGAGG
tad27c09.y1 Hydra EST -IV Hydra vulgaris cDNA 5' similar to SW:CIRP_HUMAN Q14011 COLD-INDUCIBLE RNA-BINDING PROTEIN, mRNA sequence.
CF779408.1:311-330
GTGGATACAGCAGTGGCGGTAGCAGTGGAG311GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGTGACAGATACGGTGGTGGTCGTTCAAGT
JGI_XZT10595.fwd NIH_XGC_tropTad5 Xenopus tropicalis cDNA clone IMAGE:7588596 5', mRNA sequence.
CX310345.1:796-815
GTGGCAGCCCTCCATACTCTGGGGGTAACA796GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGCCAGGCTATGGAGGTGGCCAAGGAGGTG
JGI_XZT15598.fwd NIH_XGC_tropTad5 Xenopus tropicalis cDNA clone IMAGE:7592966 5', mRNA sequence.
CX326777.2:788-807
GTGGCAGCCCTCCATACTCTGGGGGGTACA788GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGCCCAGGCTATGGAGGT
JGI_XZG11853.fwd NIH_XGC_tropGas7 Xenopus tropicalis cDNA clone IMAGE:7528046 5', mRNA sequence.
CX424871.1:784-803
GGTGGCAGCCCTCCATACTCTGGGGGTACA784GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGC
JGI_XZG62422.fwd NIH_XGC_tropGas7 Xenopus tropicalis cDNA clone IMAGE:7576448 5', mRNA sequence.
CX431845.2:795-814
GTGGCAGCCCTCCATACTCTGGGGGTAACA795GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGCCAAGGCTATGGAGGT
JGI_XZG60749.fwd NIH_XGC_tropGas7 Xenopus tropicalis cDNA clone IMAGE:7574877 5', mRNA sequence.
CX441743.2:814-833
GGTGGCAGCCCTCCATACTCTGGGGGTACA814GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGCCAAGGCTATGGA
EST02853 Chinese sturgeon pituitary cDNA library Acipenser sinensis cDNA, mRNA sequence.
EC268360.1:281-300
ACTTCAGAGGTGGCAGAGGTGGTGGAGACA281GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGCCGTTTTGATAGCCAGCGAAGCGGTGGA
ABE00004024 Advantage polymerase (lib1_ab_adv) Amoebidium parasiticum cDNA, mRNA sequence.
EC626638.1:44-63
CCTCTGGCCTTACATCAGCTGGGTGCATGT44GAAGCTATGGTGGTGGTGGTTCTTTTAAAATAAATATGTAAAAAAAAAAA
AGN_PNL204bf1_g1.trimmed.seq AGN_PNL Nicotiana tabacum cDNA 5', mRNA sequence.
FG181634.1:369-388
ACTTCAGAGGTGGCAGAGGTGGTGGAGACA369GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGTGGCCGTTTTGATAGCCAGCGAAGCGGT
AGN_PNL213bf1_a5.trimmed.seq AGN_PNL Nicotiana tabacum cDNA 5', mRNA sequence.
FG188166.1:403-422
ACTTCAGAGGTGGCAGAGGTGGTGGAGACA403GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGCCGTTTTGATAGCCAGCGAAGCGGTGGA
AGN_PNL213df1_a8.trimmed.seq AGN_PNL Nicotiana tabacum cDNA 5', mRNA sequence.
FG188528.1:429-448
GTGGCAGAGGTGGGAGAGGTGGTGGAGACA429GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGCCGTTTTGATAGCCAGCGAAGCGGTGGA
AGN_PNL214bf1_e10.trimmed.seq AGN_PNL Nicotiana tabacum cDNA 5', mRNA sequence.
FG188933.1:415-434
ACTTCAGAGGTGGCAGAGGTGGTGGAGACA415GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGTGGCCGTTTTGATAGCCAGCGAAGCGGT
av02065g14r1.1 Symbiotic sea anemone (Anemonia viridis) cDNA library Anemonia viridis cDNA, mRNA sequence.
FK723503.1:1-20
1GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGAGATGGATACAGCCGCGGTGGCCGTAGT
av02115d18r1.1 Symbiotic sea anemone (Anemonia viridis) cDNA library Anemonia viridis cDNA, mRNA sequence.
FK731717.1:337-356
GTGGTAGAGGAGGTGGAGGATATGGAAGAA337GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGG
av01004a11r1.1 Symbiotic sea anemone (Anemonia viridis) cDNA library Anemonia viridis cDNA, mRNA sequence.
FK735244.1:228-247
GTGGTAGAGGAGGTGGAGGATATGGAGGAA228GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGAGATGGATACAGCCGCGGTGGCCGTAGT
av02084o22r1.1 Symbiotic sea anemone (Anemonia viridis) cDNA library Anemonia viridis cDNA, mRNA sequence.
FK736384.1:181-200
GTGGTAGAGGAGGTGGAGGATATGGAGGAA181GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGAGATGGATACAGCCGCGGTGGCCGTAGT
av01006h15r1.1 Symbiotic sea anemone (Anemonia viridis) cDNA library Anemonia viridis cDNA, mRNA sequence.
FK737844.1:324-343
GTGGTAGAGGAGGTGGAGGATATGGAGGAA324GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGAGATGGATACAGCCGCGGTGGCCGTAGT
av02082b16r1.1 Symbiotic sea anemone (Anemonia viridis) cDNA library Anemonia viridis cDNA, mRNA sequence.
FK740691.1:315-334
GTGGTAGAGGAGGTGGAGGATATGGAGGAA315GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGAGATGGATACAGCCGCGGTGGCCGTAGT
av02098p21r1.1 Symbiotic sea anemone (Anemonia viridis) cDNA library Anemonia viridis cDNA, mRNA sequence.
FK741856.1:324-343
GTGGTAGAGGAGGTGGAGGATATGGAGGAA324GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGAGATGGATACAGCCGCGGTGGCCGTAGT
av02081i18r1.1 Symbiotic sea anemone (Anemonia viridis) cDNA library Anemonia viridis cDNA, mRNA sequence.
FK742832.1:252-271
GTGGTAGAGGAGGTGGAGGATATGGAGGAA252GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGAGATGGATACAGCCGCGGTGGCCGTAGT
av02058k08r1.1 Symbiotic sea anemone (Anemonia viridis) cDNA library Anemonia viridis cDNA, mRNA sequence.
FK743173.1:337-356
GTGGTAGAGGAGGTGGAGGATATGGAGGAA337GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGAGATGGATACAGCCGCGGTGGCCGTAGT
av01047i24r1.1 Symbiotic sea anemone (Anemonia viridis) cDNA library Anemonia viridis cDNA, mRNA sequence.
FK744386.1:336-355
GTGGTAGAGGAGGTGGAGGATATGGAGGAA336GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGAGATGGATACAGCCGCGGTGGCCGTAGT
av02087f22r1.1 Symbiotic sea anemone (Anemonia viridis) cDNA library Anemonia viridis cDNA, mRNA sequence.
FK759089.1:322-341
GTGGTAGAGGAGGTGGAGGATATGGAGGAA322GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGAGATGGATACAGCCGCGGTGGCCGTAGT
TSA: Nitella mirabilis comp264_c0_seq1 mRNA sequence.
JV768855.1:696-715
GTCGGGGTGGTTACGACCGAGGCGGCGACA696GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGATACGGTGGTGGTGGTGGTGCGTACGGT
Gossypium herbaceum isolate GPA1alz chromosome 3.
CP106697.1:58264204-58264223
TTTCATTGCGCGTTGTATGTATATTCGCGG58264204GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGT
Trifolium repens isolate ACLI19 chromosome 01_Occ.
CP125836.1:21586002-21586021
TTGGGTCGTTTTAGATGGTGGTGGTGTGGT21586002GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGAAGCTGAGGTGGCAGAAATGGTGGTGGTG
Trifolium repens isolate ACLI19 chromosome 05_0cc.
CP125844.1:19138831-19138850
TTGGGTCGTTTTAGATGGTGGTGGTGTGGT19138831GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGAAGCTGAGGTGGCAGAAATGGTGGTGGTG
Trifolium repens isolate ACLI19 chromosome 08_0cc.
CP125850.1:22149484-22149503
CTCGGTCGTTTTAGATGGTGGTGGTGTGGT22149484GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGAAACGGAGGTGGCAGAAATGGTGGTGGTG
Triticum aestivum chromosome 3B, genomic scaffold, cultivar Chinese Spring.
HG670306.1:221613670-221613689
AAGAGGAGGGTCGAGGCGGCGACGTGTACA221613670GAAGCTATGGTGGTGGTGGTTAGGGTTGGGGGCTGGCCTAGAAATATGTT
Triticum aestivum genome assembly, chromosome: 1B.
LS992081.1:168000000-168000019
AAGAGGAGGGTCGAGGCGGCGACGTGTACA168000000GAAGCTATGGTGGTGGTGGTTAGGGTTGGGGGCTGGCCTAGAAATATGTT
Aegilops speltoides subsp. speltoides genome assembly, chromosome: 6B.
OX082602.1:531932614-531932633
ACACGAATGCAGCTCCGTACGCGCGCGATT531932614GAAGCTATGGTGGTGGTGGTCGCAACTCCGATGGCCAACGGTCGCCGGCC
Climacium dendroides genome assembly, chromosome: 7.
OX467088.1:6934594-6934613
GTGGAGGCTATGGTGGAGGCAGCTACGGCG6934594GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGTGGATATGGAGGCAGCACCTACGACGAC
Euphrasia confusa genome assembly, chromosome: 4.
OX940952.1:41586244-41586263
GTGGTGGAGGGTATGGCGGGAGCGGCGGAG41586244GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGTGGTTATGGAGGTGGCGGCGGAGGCGGC
Euphrasia confusa genome assembly, chromosome: 4.
OX940952.1:41591773-41591792
GTGGTGGAGGGTATGGCGGGAGCGGCGGAG41591773GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGTGGTTATGGAGGTGGCGGCGGAGGCGGC
Pseudognaphalium luteoalbum genome assembly, chromosome: 4.
OY730195.1:6656586-6656605
GAGAATGCCCCCAGGGTGGTGGTGGAGGTG6656586GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGTGGATGGAGCAGTGGCGGAGGTGGAGGT
Triticum monococcum genome assembly, chromosome: 1A.
OY737850.1:207973181-207973200
GCGGAAGTGTATGGTGGTCAAGCCTATGCG207973181GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGTTTATGAAGAAGCAGTCGTCCCTAAGTA
Triticum monococcum genome assembly, chromosome: 1A.
OY737858.1:211642919-211642938
GTGGAAGTGTATGGTGGTCAAGCCTATGCG211642919GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGTTTATGAAGAAGCAGTCGTCCCTAAGTA
Triticum timopheevii genome assembly, chromosome: 2At.
OY997263.1:408115191-408115210
GTGGAAGTGTATGGTGAGCAAGCCTATGCG408115191GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGTTGATGAAGATGCAACCGTCCCTAAGTA
Blastobasis adustella genome assembly, chromosome: 18.
OU026132.1:15588359-15588378
GGAGAGAAACACAAGCCAAGGTTTACCAGT15588359GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGAGTGGGCAAGTGTGATGAGTCATTAAGAG
Piscicola geometra genome assembly, chromosome: 5.
OX030959.1:3721308-3721327
GGAGCAGTTATGCTGGCGGTGATAGGAGGA3721308GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGTGATAGTAATGATAGAGGAGACAGGCGC
Tridacna crocea genome assembly, chromosome: 7.
OX031062.1:13235514-13235533
ACCATGCTGCATGTGTATACTTTCAGATGA13235514GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGTCACAAGGCAAAAGACCCAAATCAGCCA
Hippopus hippopus genome assembly, chromosome: 7.
OX328102.1:47804511-47804530
ACTATGCTGCACGTGAATACTTTCAGATGA47804511GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGTCACAAAGCAAAAGACCCAAATCAGCCA
Branchellion lobata genome assembly, chromosome: 12.
OX387257.1:4822973-4822992
GTGGTGGCGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTA4822973GAAGCTATGGTGGTGGTGGTTGAACAAGACGCAATGGTGGGAGGAAAGAT
Leucophora obtusa genome assembly, chromosome: 3.
OX465297.1:155543462-155543481
GCGGTGGTAATTACGCTTCCAGTAATGCTG155543462GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGTGGCCATCCCGGAAATGGAGGTGGTTGT
Tridacna derasa genome assembly, chromosome: 7.
OY723420.1:48234591-48234610
ACTATGCTGCACGTGAATACTTTCAGATGA48234591GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGTCACAAAGCAAAAGACCCAAATCAGCCA
Agonopterix alstromeriana genome assembly, chromosome: 10.
OZ004671.1:11435339-11435358
ACTTGACATTTGGCTCAAAGTCATGACAAT11435339GAAGCTATGGTGGTGGTGGTTTACACGCTGTATGTCACAAACGCAGTTCG
Magelona johnstoni genome assembly, chromosome: 2.
OZ012685.1:44658673-44658692
GTGGATACGGCGGAAGAGGCGGCGGAAGCC44658673GAAGCTATGGTGGTGGTGGTGGCGGCAGCCGCTTTAATAAGAGATGGTAG

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/GAAGCTATGGTGGTGGTGGT
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : GAAGCTATGGTGGTGGTGGT | format : html | download : | debug : 

0.008 | 0.008 | search_start;
1.807 | 1.798 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GAAGCTATGGTGGTGGTGGT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
1.954 | 0.147 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=ACCACCACCACCATAGCTTC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=0
1.954 | 0.000 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).