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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-03 19:52:41, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

TSA: Brassica rapa subsp. pekinensis RNA, contig: CF3_16558.
FX695500.1:1132-1152
TGGCTGTGCCACGATATCTCACTATATTCT1132GGTGCTGAAGCTGACTAAGTAATGCAATCTCCCTTTCTAATTGTTGAATGC
TSA: Brassica rapa x Raphanus sativus RNA, contig: BB3_43422.
FX728776.1:1155-1175
TGGCTGTGCCACGATATCTCACTATATTCT1155GGTGCTGAAGCTGACTAAGTAATGCAATCTCCCTTTCTAATTGTTGAATGC
Brassica rapa subsp. pekinensis cultivar Inbred line 'Chiifu' clone KBrB078E04, *** SEQUENCING IN PROGRESS ***, 5 ordered pieces.
AC241068.1:120570-120590
TGGCTGTGCCACGATATCTCACTATATTCT120570GGTGCTGAAGCTGACTAAGTAATGCAATCTCCTATATAAATGAAGCGAGGA
Brassica rapa subsp. pekinensis cultivar Inbred line 'Chiifu' clone KBrB036E23, *** SEQUENCING IN PROGRESS ***, 5 ordered pieces.
AC241015.1:152947-152967
TCCTCGCTTCATTTATATAGGAGATTGCAT152947TACTTAGTCAGCTTCAGCACCAGAATATAGTGAGATATCGTGGCACAGCCA
Brassica rapa subsp. pekinensis clone KBrH018N02, complete sequence.
CU915577.1:75709-75729
TCCTCGCTTCATTTATATAGGAGATTGCAT75709TACTTAGTCAGCTTCAGCACCAGAATATAGTGAGATATCGTGGCACAGCCA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/GGTGCTGAAGCTGACTAAGTA
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : GGTGCTGAAGCTGACTAAGTA | format : html | download : | debug : 

0.008 | 0.008 | search_start;
0.198 | 0.189 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GGTGCTGAAGCTGACTAAGTA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.295 | 0.097 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=TACTTAGTCAGCTTCAGCACC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=47
0.297 | 0.002 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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