GGGenome Help | English

データベース：
 

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-03 18:34:20, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

TSA: Capsicum annuum MGMT_Contig42289 mRNA sequence.
JW092533.1:3214-3238
CTAATAAATCTGAGAAATGCATCACCTACA3214GTACTTATGATGTCTGGAGCTTACGCTTGAACAACCATTGAAATGGTCTCGCCAA
TSA: Capsicum annuum MA_MegaContig_31749, mRNA sequence.
JW160434.1:1638-1662
TTGGCGAGACCATTTCAATGGTTGTTCAAG1638CGTAAGCTCCAGACATCATAAGTACTGTAGGTGATGCATTTCTCAGATTTATTAG
Capsicum annuum Takanotsume DNA, chromosome 10, sequence.
AP026705.1:206255968-206255992
TTGGCAAGACCATTTCAATGGTTGTTCAAG206255968CGTAAGCTCCAGACATCATAAGTACTGTAGGTGATGCATTTCTCAGATTTATTAG
Capsicum annuum cultivar G1-36576 isolate CaT2T chromosome 10.
CP124722.1:211058811-211058835
TTGGCAAGACCATTTCAATGGTTGTTCAAG211058811CGTAAGCTCCAGACATCATAAGTACTGTAGGTGATGCATTTCTCAGATTTATTAG

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/GTACTTATGATGTCTGGAGCTTACG
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : GTACTTATGATGTCTGGAGCTTACG | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.170 | 0.161 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GTACTTATGATGTCTGGAGCTTACG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.294 | 0.125 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CGTAAGCTCCAGACATCATAAGTAC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=49
0.297 | 0.002 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).