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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-03 16:12:31, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

CV02020B1B02.f1 CV02-normalized library Manihot esculenta cDNA clone CV02020B1B02.f1, mRNA sequence.
DV456049.1:413-434
CATGGATTCTTCTTGGGTTGTTGGATGTGG413GTTTCCCAGCAGCAGCCATTCTGGTTACGCGGCTAGCATTGCAGGGTCAAGT
U_UZ-100602_plate40l08.b1 Full-length enriched cDNA library of cassava MPER417-003 Manihot esculenta subsp. peruviana cDNA, mRNA sequence.
JK000660.1:465-486
CATGGATTCTTCTTGGGTTGTTGGATGTGG465GTTTCCCAGCAGCAGCCATTCTGGTTACGCGGCTAGCATTGCAGGGTCAAGT
Manihot esculenta sugar transpoter (SWEET18) mRNA, complete cds.
KT876455.1:384-405
CATGGATTCTTCTTGGGTTGTTGGATGTGG384GTTTCCCAGCAGCAGCCATTCTGGTTACGCGGCTAGCATTGCAGGGTCAAGT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/GTTTCCCAGCAGCAGCCATTCT
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : GTTTCCCAGCAGCAGCCATTCT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.321 | 0.312 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GTTTCCCAGCAGCAGCCATTCT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.427 | 0.106 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=AGAATGGCTGCTGCTGGGAAAC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=47
0.427 | 0.000 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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