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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-03-14 21:01:49, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

TSA: Raphanus sativus var. sativus RNA, contig: WG3_16659.
FX666624.1:1472-1491
CTTGTGTCCATCCGGATCCGAGCGATGCCC1472GTTTCTCGCCATGGTCTCACCTCCTCTGTAACCACCACCACCACCACCAC
TSA: Brassica rapa x Raphanus sativus RNA, contig: BB3_40598.
FX792793.1:1417-1436
CTTGTGTCCATCCGGATCCGAGCGATGCCC1417GTTTCTCGCCATGGTCTCACCTCCTCTGTAACCACCACCACCACCACCAC
TSA: Raphanus sativus RS11591 mRNA sequence.
JT796138.1:1084-1103
CTTGTGTCCATCCGGATCCGAGCGATGCCC1084GTTTCTCGCCATGGTCTCACCTCCTCTGTAACCACCACCACCACCACCAC
Raphanus sativus genome assembly, chromosome: 8.
OY743205.1:2659803-2659822
CTTGTGTCCATCCGGATCCGAGCGATGCCC2659803GTTTCTCGCCATGGTCTCACCTCCTCTGTAACCACCACCACCACCACCAC
Raphanus sativus mRNA, clone: RSCR06M04, 5' end sequence.
FY441737.1:616-635
GTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTACAGAGGAG616GTGAGACCATGGCGAGAAACGGGCATCGCTCGGATCCGGATGGACACAAG
Raphanus sativus mRNA, clone: RSCS07E14, 5' end sequence.
FY448357.1:550-569
GTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTACAGAGGAG550GTGAGACCATGGCGAGAAACGGGCATCGCTCGGATCCGGATGGACACAAG
Raphanus sativus genome assembly, chromosome: 9.
LR778318.1:26234479-26234498
GTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTACAGAGGAG26234479GTGAGACCATGGCGAGAAACGGGCATCGCTCGGATCCGGATGGACACAAG

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/GTTTCTCGCCATGGTCTCAC
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : GTTTCTCGCCATGGTCTCAC | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.337 | 0.329 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GTTTCTCGCCATGGTCTCAC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.597 | 0.259 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GTGAGACCATGGCGAGAAAC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=46
0.599 | 0.002 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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