GGGenome Help | English

データベース：
 

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-03-14 15:46:14, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Glycine max cDNA, clone: GMFL02-43-K03, 5'end.
DB970646.1:588-607
GATGCGGGGCTCAAAAGCTAAGCTGAATTT588TCCTCATTTAATTGGCTCGGATCATGAGCCAATTAAGGTTA
Glycine max cDNA, clone: GMFL02-43-K03, 3'end.
DB987645.1:175-194
GATGCGGGGCTCAAAAGCTAAGCTGAATTT175TCCTCATTTAATTGGCTCGGATCATGAGCCAATTAAGGTTACGCTAAAGA
BRSOGMSC1059B12.b. Root from Glycine max stressed by drought Glycine max cDNA, mRNA sequence.
GT185244.1:698-717
GATGCGGGGCTCAAAAGCTAAGCTGAATTT698TCCTCATTTAATTGGCTCGGATCATGAGCCAATAAGGNNTACGCTAAAGA
Glycine max clone HN_CCL_194 AP2-EREBP transcription factor (Glyma03g26310.1) mRNA, partial cds.
KT031073.1:531-550
GATGCGGGGCTCAAAAGCTAAGCTGAATTT531TCCTCATTTAATTGGCTCGGATCATGAGCCAATTAAGGTTACGCTAAAGA
Sequence 978 from patent US 7345217.
EA483383.1:441-460
TCTTTAGCGTAACCTTAATTGGCTCATGAT441CCGAGCCAATTAAATGAGGAAAATTCAGCTTAGCTTTTGAGCCCCGCATC
Sequence 477 from patent US 7511190.
GP291281.1:441-460
TCTTTAGCGTAACCTTAATTGGCTCATGAT441CCGAGCCAATTAAATGAGGAAAATTCAGCTTAGCTTTTGAGCCCCGCATC
Sequence 477 from patent US 7659446.
GV640372.1:441-460
TCTTTAGCGTAACCTTAATTGGCTCATGAT441CCGAGCCAATTAAATGAGGAAAATTCAGCTTAGCTTTTGAGCCCCGCATC
Sequence 5485 from patent US 7960612.
GY263532.1:371-390
TCTTTAGCGTAACCTTAATTGGCTCATGAT371CCGAGCCAATTAAATGAGGAAAATTCAGCTTAGCTTTTGAGCCCCGCATC
Sequence 6535 from patent US 8030546.
GY458760.1:371-390
TCTTTAGCGTAACCTTAATTGGCTCATGAT371CCGAGCCAATTAAATGAGGAAAATTCAGCTTAGCTTTTGAGCCCCGCATC
Sequence 477 from patent US 8110725.
GZ149814.1:441-460
TCTTTAGCGTAACCTTAATTGGCTCATGAT441CCGAGCCAATTAAATGAGGAAAATTCAGCTTAGCTTTTGAGCCCCGCATC
Sequence 477 from patent US 8426678.
GZ834022.1:441-460
TCTTTAGCGTAACCTTAATTGGCTCATGAT441CCGAGCCAATTAAATGAGGAAAATTCAGCTTAGCTTTTGAGCCCCGCATC
Sequence 477 from patent US 8796510.
HK068509.1:441-460
TCTTTAGCGTAACCTTAATTGGCTCATGAT441CCGAGCCAATTAAATGAGGAAAATTCAGCTTAGCTTTTGAGCCCCGCATC
Sequence 978 from patent US 8809630.
HK100469.1:441-460
TCTTTAGCGTAACCTTAATTGGCTCATGAT441CCGAGCCAATTAAATGAGGAAAATTCAGCTTAGCTTTTGAGCCCCGCATC
Sequence 477 from patent US 9476039.
KH309616.1:441-460
TCTTTAGCGTAACCTTAATTGGCTCATGAT441CCGAGCCAATTAAATGAGGAAAATTCAGCTTAGCTTTTGAGCCCCGCATC
Sequence 477 from patent US 9725728.
MI006260.1:441-460
TCTTTAGCGTAACCTTAATTGGCTCATGAT441CCGAGCCAATTAAATGAGGAAAATTCAGCTTAGCTTTTGAGCCCCGCATC
Sequence 6535 from patent US 10597667.
MO969913.1:371-390
TCTTTAGCGTAACCTTAATTGGCTCATGAT371CCGAGCCAATTAAATGAGGAAAATTCAGCTTAGCTTTTGAGCCCCGCATC
Sequence 477 from patent US 11566256.
OS286388.1:441-460
TCTTTAGCGTAACCTTAATTGGCTCATGAT441CCGAGCCAATTAAATGAGGAAAATTCAGCTTAGCTTTTGAGCCCCGCATC
GM89023A1C10.r1 Gm-r1089 Glycine max cDNA clone Gm-r1089-8563 3, mRNA sequence.
CO985012.1:323-342
TCTTTAGCGTAACCTTAATTGGCTCATGAT323CCGAGCCAATTAAATGAGGAAAATTCAGCTTAGCTTTTGAGCCCCGCATC
gmrtDrNS01_11-A_M13R_C11_091.s2 Water stressed 5h segment 2 gmrtDrNS01 Glycine max cDNA 3', mRNA sequence.
CX547699.1:371-390
TCTTTAGCGTAACCTTAATTGGCTCATGAT371CCGAGCCAATTAAATGAGGAAAATTCAGCTTAGCTTTTGAGCCCCGCATC
gmrtDrNS01_07-B_M13R_E03_023.s2 Water stressed 5h segment 2 gmrtDrNS01 Glycine max cDNA 3', mRNA sequence.
CX702609.1:371-390
TCTTTAGCGTAACCTTAATTGGCTCATGAT371CCGAGCCAATTAAATGAGGAAAATTCAGCTTAGCTTTTGAGCCCCGCATC
Glycine max cultivar Williams 82 chromosome 3.
CP126428.1:34779868-34779887
TCTTTAGCGTAACCTTAATTGGCTCATGAT34779868CCGAGCCAATTAAATGAGGAAAATTCAGCTTAGCTTTTGAGCCCCGCATC

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/TCCTCATTTAATTGGCTCGG
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TCCTCATTTAATTGGCTCGG | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
1.169 | 1.161 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=TCCTCATTTAATTGGCTCGG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
2.121 | 0.951 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CCGAGCCAATTAAATGAGGA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=46
2.132 | 0.011 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).