GGGenome Help | English

データベース:

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 : 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 +方向のみ検索 -方向のみ検索

2025-04-03 13:19:07, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます(ミスマッチ挿入欠失

KS20008F01 KS20 Capsicum annuum cDNA, mRNA sequence.
GD094066.1:67-86
TTGGGGAGGATATCCTAGAGGTGGTTGGTA67TGGAGGATTACCTCGCAACTAATTAATTTAAGGTTAATTATGCACTAAGT
Capsicum annuum cultivar G1-36576 isolate CaT2T chromosome 3.
CP124729.1:288773033-288773052
TTGGGGAGGATATCCTAGACGTGGTTGGTA288773033TGGAGGATTACCTCGCAACTAATTAATTTAAGGTTAATTATGCACTAAGT
Capsicum annuum cultivar G1-36576 isolate CaT2T chromosome 3.
CP124729.1:288787944-288787963
TTGGGGAGGATATCCTAGACGTGGTTGGTA288787944TGGAGGATTACCTCGCAACTAATTAATTTAAGGTTAATTATGCACTAAGT
Capsicum annuum cultivar G1-36576 isolate CaT2T chromosome 3.
CP124729.1:288836679-288836698
TTGGGGAGGATATCCTAGACGTGGTTGGTA288836679TGGAGGATTACCTCGCAACTAATTAATTTAAGGTTAATTATGCACTAAGT
Capsicum annuum cultivar G1-36576 isolate CaT2T chromosome 3.
CP124729.1:288878182-288878201
TTGGGGAGGATATCCTAGACGTGGTTGGTA288878182TGGAGGATTACCTCGCAACTAATTAAATTAAGGTTAATTATGCACTAAGT
TSA: Capsicum annuum MGMT_Contig27075, mRNA sequence.
JW077319.1:93-112
ATTTAGGACATAATTAACCTTAAATTAATT93AGTTGCGAGGTAATCCTCCATACCAACCACCTCTAGGATATCCTCCCCAA
Capsicum annuum Takanotsume DNA, chromosome 3, sequence.
AP026698.1:3476138-3476157
ACTTAGTGCATAATTAACCTTAATTTAATT3476138AGTTGCGAGGTAATCCTCCATACCAACCACGTCTAGGATATCCTCCCCAA
Capsicum annuum Takanotsume DNA, chromosome 3, sequence.
AP026698.1:3517353-3517372
ACTTAGTGCATAATTAACCTTAAATTAATT3517353AGTTGCGAGGTAATCCTCCATACCAACCACCTCTAGGATATCCTCCCCAA
Capsicum annuum Takanotsume DNA, chromosome 3, sequence.
AP026698.1:3554529-3554548
ACTTAGTGCATAATTAACCTTAAATTAATT3554529AGTTGCGAGGTAATCCTCCATACCAACCACGTCTAGGATATCCTCCCCAA
Capsicum annuum Takanotsume DNA, chromosome 3, sequence.
AP026698.1:3569482-3569501
ACTTAATACATAATTAACCTTAAATTAATT3569482AGTTGCGAGGTAATCCTCCATACCAACCACGTCTAGGATATCCTCCCCAA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/TGGAGGATTACCTCGCAACT
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TGGAGGATTACCTCGCAACT | format : html | download : | debug :

0.009 | 0.009 | search_start;
0.400 | 0.392 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=TGGAGGATTACCTCGCAACT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.502 | 0.101 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=AGTTGCGAGGTAATCCTCCA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=45
0.505 | 0.004 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).