GGGenome Help | English

データベース：
 

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-03 15:39:54, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Solanum melongena mRNA, clone: CAL04N12, 5'end, expressed in callus at 3d after subculture.
FS010149.1:169-188
ATCATATACAAGAGCTTAAATAGTTCTATA169TGTTGTGGACACGGCTACTCTACTTTGACACGTTGCCCAAATTCCATTGC
Solanum melongena mRNA, clone: SmFL12H24, 5'end.
FS074563.1:169-188
ATCATATACAAGAGCTTAAATAGTTCTATA169TGTTGTGGACACGGCTACTCTACTTTGACACGTTGCCCAAATTCCATTGC
Dicrocoelium dendriticum genome assembly, scaffold: DDEL_scaffold0220611.
LK636334.1:29-48
CCTCATATCTTATCATATAGGACAGTAG29TGTTGTGGACACGGCTACTCCTATAGCAAATGTCTTTTGTGCATACTTTG
Setaria viridis cultivar ME034v chromosome 7.
CP050801.1:4109185-4109204
GTACAACCTCTGTAGAGTTAAAACCTATAC4109185GAGTAGCCGTGTCCACAACATTGGACGAGTTACGGCTTGGTCCCATAACT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/TGTTGTGGACACGGCTACTC
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TGTTGTGGACACGGCTACTC | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.320 | 0.311 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=TGTTGTGGACACGGCTACTC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.400 | 0.080 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GAGTAGCCGTGTCCACAACA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=47
0.401 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).