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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-06 00:45:46, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

TSA: Dianthus caryophyllus mRNA, contig: CAK09.407.C3.
FX297300.1:182-201
TTCCAACCACCGGAGTAACGATGGAAGTGG182TTAAGTGGGTCCCTCCTGTGTGTGTTATTTTGAGCCAATATCAACGAAGA
Dianthus caryophyllus mRNA, clone: CES05O01, 5' end sequence.
FY384318.1:209-228
TCTTCGTTGATATTGGCTCAAAATAACACA209CACAGGAGGGACCCACTTAACCACTTCCATCGTTACTCCGGTGGTTGGAA
TSA: Dianthus caryophyllus mRNA, contig: CAK09.407.C1.
FX297298.1:208-227
TCTTCGTTGATATTGGCTCAAAATAACACA208CACAGGAGGGACCCACTTAACCACTTCCATCGTTACTCCGGTGGTTGGAA
TSA: Dianthus caryophyllus mRNA, contig: CAK09.407.C2.
FX297299.1:312-331
TCTTCGTTGATATTGGCTCAAAATAACACA312CACAGGAGGGACCCACTTAACCACTTCCATCGTTACTCCGGTGGTTGGAA
Agrostemma githago genome assembly, chromosome: 5.
OY288243.1:60124162-60124181
TCTCCATTGGTTTTGGCAGCCAACAATACA60124162CACAGGAGGGACCCACTTAATCACTTCAAACCCTACACCGGTGGCTGGAA
Agrostemma githago genome assembly, chromosome: 23.
OY288261.1:40893341-40893360
TCTCCATTGATTTTGGCAGCCAACAATACA40893341CACAGGAGGGACCCACTTAATCACTTCAAACCCTACACCGGTGGCTGGAA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/TTAAGTGGGTCCCTCCTGTG
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTAAGTGGGTCCCTCCTGTG | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.354 | 0.346 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=TTAAGTGGGTCCCTCCTGTG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.522 | 0.167 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CACAGGAGGGACCCACTTAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=49
0.525 | 0.003 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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