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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-11-22 23:44:48, GGGenome : D. grimshawi genome, Agencourt prelim/droGri1 (Aug, 2005)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

scaffold_7154:925-939
TTGCGATGTGGCTCGACGGCTCTACCAAAT925TTCATTGACAACATTCGAATGGCTCTTGGCCAAACAAAGTGCATT
scaffold_24992:1870105-1870119
TTGCGATGTGGCTCGACGGCTCTACCAAAT1870105TTCATTGACAACATTCGAATGGCTCTTGGCCAAACAAAGTGCATT
scaffold_24997:2474412-2474426
TTAAAAGTGTTGTTAAATGTTGGATATATT2474412TTCATTGACAACATTGACAAGTTTATTGTAGTTGCCACTGTCCGC
scaffold_25041:2799309-2799323
CCGATAGTTCCTTAAAGAATTCAGCGTTAT2799309TTCATTGACAACATTCAATCAGGTGTCAAAAAGAGTTTTTCCAAC
scaffold_24895:175073-175087
TTAGTCAACTGCCATCAGCGGGCAAAGTTC175073AATGTTGTCAATGAATAATGCTTGATGGGCTTTTCTGTAGGTGGA
scaffold_25029:4930184-4930198
GATATTAAACATTGCTTAATATTGCTTAAT4930184AATGTTGTCAATGAAATGAAAGATCTTTCAAAACCACAACTAGCT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/droGri1/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : droGri1 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.080 | 0.071 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28097/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.085 | 0.005 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28097/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=46
0.085 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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