GGGenome Help | English

データベース：
 

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-11-24 19:19:27, GGGenome : Horse genome, Broad/equCab2 (Sep, 2007)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

chr2:72853595-72853609
TGAACTGTAGTGCTGTTTGGCTATGAGTTC72853595AATGTTGTCAATGAAAAATATGTTTTAAACTGTCTTTGAACAGAA
chr2:84251160-84251174
TTAATATTAATATTAAATGGATGCCCACAG84251160AATGTTGTCAATGAAAATCTGTGTTTAAAGCGATAATATATTCTA
chr14:72434675-72434689
CGGGGTAAAGTTGAAATTTAGTAAACATTT72434675AATGTTGTCAATGAAATAATTTCCTTAAACTCTGACCTTTGTTTC
chr20:32466916-32466930
CACATCTTCCTCATCCATCCCAATCAACAT32466916AATGTTGTCAATGAAATGAACTAATGTGATATTTTATAGGATGTC
chr1:117266503-117266517
ATTTATCCTTTAATTGCAGGTTTTCAAATT117266503TTCATTGACAACATTTTTATTTCTAAGATTTCTAATTGGTTCATT
chr1:177999247-177999261
TTGCCTGTCCACAAAAGCTGTGTAGACTTT177999247TTCATTGACAACATTTGGCAACTATTATTAATCTAAACAACGCTA
chr15:14838521-14838535
TGCTCTCTCTTAAAAAGCCTGATTTTTGCT14838521TTCATTGACAACATTCTAATGACTGTTCTCCCTCATATACGAAAG
chr16:53522689-53522703
TGGCTTATACAAAGTTTCGAACTTTTAAAT53522689TTCATTGACAACATTTAAAAATTAGACAATTCATATTTCTGACTT
chr21:43546230-43546244
CAAGTCTAGTTAACATCCTTTATTTATTTA43546230TTCATTGACAACATTCAACCAACATTTACTGAGCCATTAGGCACC

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/equCab2/AATGTTGTCAATGAA
lang : ja | db : equCab2 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AATGTTGTCAATGAA | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.080 | 0.071 | search_plus_done; http://172.18.8.78:28038/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.084 | 0.004 | search_minus_done; http://172.18.8.78:28038/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=46
0.085 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).