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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-11-23 22:50:35, GGGenome : Stickleback genome, Broad/gasAcu1 (Feb, 2006)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

chrUn:61583944-61583958
CCCATTTCTGTCACTCAGCAAAAGTGTGAC61583944AATGTTGTCAATGAATTGCTGAATCAAACAAATGCATGCTGAAGG
chrVII:16960693-16960707
TATTTCTGAGAAGCGCATGGGCCAAATCCT16960693AATGTTGTCAATGAAAATAGAGCAATGATTTGGCAGAGATGTACT
chrXII:16925615-16925629
AAATAAGGCAATTCTTGGTAGCCTCTCATC16925615AATGTTGTCAATGAACACATTAAATACCTGCAGGTTGGGGTTACA
chrII:7454212-7454226
AGGAGAAACCTTTGTGTGTCAACTGTTTGA7454212TTCATTGACAACATTTGGAGTTCATTAAAATCAGCATAGCAACAT
chrUn:5453975-5453989
CATACAAGTTAATTGTTTGCTGTTGTGGTT5453975TTCATTGACAACATTGATTGAATTGTGGTTTTCATTGACAACATT
chrUn:5454005-5454019
TTCATTGACAACATTGATTGAATTGTGGTT5454005TTCATTGACAACATTGATTGAATCTCCTCCGCCTTAAGGTAGCAA
chrXIX:2136493-2136507
AATATATTTTGTGCGAGAAAACGTTTTTTC2136493TTCATTGACAACATTACTCTCCCTGTCATGAACAATACACCTTTT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/gasAcu1/AATGTTGTCAATGAA
lang : ja | db : gasAcu1 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AATGTTGTCAATGAA | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.081 | 0.073 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28082/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.086 | 0.004 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28082/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=47
0.087 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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