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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-11-22 05:10:48, GGGenome : Turkey genome, TGC Turkey_2.01/melGal1 (Dec, 2009)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

chr4:18742637-18742651
TTGGCACTGCTTGCTAAAAGCAGAAGTGAT18742637TTCATTGACAACATTATTTTGAAAGTGACATTCTGCCTGGAGAAT
chr4:65773504-65773518
GTTACATTCGTATTAATACTACTGTCTGAA65773504TTCATTGACAACATTATAAAACAGTACCTTTGAGACAGAAAAGAA
chr9:14224261-14224275
TAGCTGCTCATTAGAGACTGATACACCTTA14224261TTCATTGACAACATTTGTTGCTGAGTGTTTTAATGTTGTTCAACA
chrZ:52521334-52521348
CATGATAACAATCTGTGTCATGTAATTGAG52521334TTCATTGACAACATTTAAGTAATCCATAGCTCGTTTCCATTGTTC
chr1:92508803-92508817
AGTTTGAAACGGTAGGGTGAGGAGGAGAAT92508803AATGTTGTCAATGAAATTTTTAATTTGAAAAGAGTACTAAGAATG
chr2:97820742-97820756
TAGCAGACTTGTAACCTTTATGAATCTACA97820742AATGTTGTCAATGAAATGGCTTCTAAGGATGATTAAACACCATGT
chr6:4206872-4206886
TTCTAATTACATTTATGGACATCTTATTGG4206872AATGTTGTCAATGAACTCTGAATGCTGCTGACAGTGATGTTAGAC
chr7:18748445-18748459
AAAGTCAGCACTAGCTCTGACACATTAAGA18748445AATGTTGTCAATGAAAACCTAAGTAATGAATGGCATCTTCCTTGT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/melGal1/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : melGal1 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.083 | 0.074 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28084/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.087 | 0.004 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28084/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=46
0.088 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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