GGGenome Help | English

データベース:

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 : 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 +方向のみ検索 -方向のみ検索

2022-08-15 09:18:29, GGGenome : Rat pre-spliced RNA, RefSeq curated protein coding on mRatBN7.2/rn7, D3G 22.02 (Feb, 2022)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます(ミスマッチ挿入欠失

NM_053952.1|Nup155;117021|chr2:57201309:57252918:+|prespliced::chr2:57201309-57252918(+)
position: 27620-27634
CCTCTCCCATTTACATTTAGTTTTAAGTAA27620TTCATTGACAACATTTTTTGCATTGTTCAGCCCTTTACCTGTATT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/ja/rn7_RefSeqCuratedProtCoding_prespliced_d3g2202/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : rn7_RefSeqCuratedProtCoding_prespliced_d3g2202 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug :

0.008 | 0.008 | search_start;
0.079 | 0.071 | search_plus_done; http://172.18.8.78:28919/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.084 | 0.005 | search_minus_done; http://172.18.8.78:28919/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=49
0.084 | 0.000 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).