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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-11-22 20:56:07, GGGenome : Zebra finch genome, WashU taeGut324/taeGut2 (Feb, 2013)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

chr1A:33074283-33074297
TTCTGCAGTGAAGCTTATTCTGTTAAGTGT33074283TTCATTGACAACATTTGAACTAGCTAAAACAACAGCATGACCCCC
chr1A:36483701-36483715
AAACAGAACTGAAGGATTAAACCTTTGTTG36483701TTCATTGACAACATTTGTTTCTGGGTTGTCAGGTGTTCACATTGG
chr2:76030210-76030224
TCATAGGCTATGGCTAATAGGACTCCCTGA76030210TTCATTGACAACATTAATATTCCAGTGTCCTGAAATATAGAAGAT
chr1A:31591557-31591571
CTTTCCCAAGACATAAAATTGATTGAAAAA31591557AATGTTGTCAATGAAAATTAGAATATCTTCCAGCCCAAATCAAAA
chr2:100829052-100829066
GAATGTGGGCATATCCACGAAGCATTTCAA100829052AATGTTGTCAATGAAGAGAGAACAGCTCACACTATAAAATGAATT
chr3:95591523-95591537
TAGCAGACTTGTGACCTTTATGTATCTACA95591523AATGTTGTCAATGAAACGGCTCCTGAAGACAATTAAATGACAACA
chr4A_EQ832705_random:37928-37942
TAAAAAAAAATAATTCTTAAGCAAAATTTA37928AATGTTGTCAATGAAAACTGAAGCCAGTGAAATACCTCTCTGTAG
chrZ:11224809-11224823
CATTTGTAAAAGCAAGAACTGCCTGATAGA11224809AATGTTGTCAATGAACTGTAAAGCAAGTCCTTCATCAGCAGTGAG

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/taeGut2/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : taeGut2 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.087 | 0.078 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28086/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.093 | 0.005 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28086/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=47
0.094 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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