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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-11-24 08:48:33, GGGenome : Xenopus tropicalis genome, JGI 4.2/xenTro3 (Nov, 2009)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

GL172726:2552644-2552658
ATAGGGTTCAGTTATGACTGCAACTGTGCG2552644TTCATTGACAACATTTATCCAGGTTTCTTCTGTGCAAATCGCTCC
GL172675:2760925-2760939
CTTCACATTATTTTATAAACTTCTCAATAC2760925AATGTTGTCAATGAATGTGGTATTTTCACATTTTCAGATGCCCGT
GL172706:1944947-1944961
CCAATAGCTTTGGGAATGAGCAGTGTAAGC1944947AATGTTGTCAATGAAACAAAATTATACAGGCCAATAACTTATTAT
GL173149:442457-442471
TTGTTCATCGGTACCGGACCATATAAGAAT442457AATGTTGTCAATGAAGCAACCAAAATATTGAATATTGTGAGAGTG
GL173305:394621-394635
TCTGCCTCCAAACCCCATTTATTTCAAGGT394621AATGTTGTCAATGAACTGGAATACCAGTTCCACACACCACTCCCT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/xenTro3/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : xenTro3 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.079 | 0.071 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28085/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.082 | 0.003 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28085/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=49
0.083 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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