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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-11-23 22:28:05, GGGenome : Turkey genome, TGC Turkey_5.0/melGal5 (Nov, 2014)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

chr1:87653676-87653690
AGTTTGAAACGGTAGGGTGAGGAGGAGAAT87653676AATGTTGTCAATGAAATTTTTAATTTGAAAAGAGTACTAAGAATG
chr2:91544557-91544571
TAGCAGACTTGTAACCTTTATGAATCTACA91544557AATGTTGTCAATGAAATGGCTTCTAAGGATGATTAAACACCATGT
chr6:4253178-4253192
TTCTAATTACATTTATGGACATCTTATTGG4253178AATGTTGTCAATGAACTCTGAATGCTGCTGACAGTGATGTTAGAC
chr7:22193376-22193390
AAAGTCAGCACTAGCTCTGACACATTAAGA22193376AATGTTGTCAATGAAAACCTAAGTAATGAATGGCATCTTCCTTGT
chr4:28814883-28814897
TTGGCACTGCTTGCTAAAAGCAGAAGTGAT28814883TTCATTGACAACATTATTTTGAAAGTGACATTCTGCCTGGAGAAT
chr4:61503832-61503846
GTTACATTCGTATTAATACTACTGTCTGAA61503832TTCATTGACAACATTATAAAACAGTACCTTTGAGACAGAAAAGAA
chr9:14207471-14207485
TAGCTGCTCATTAGAGACTGATACACCTTA14207471TTCATTGACAACATTTGTTGCTGAGTGTTTTAATGTTGTTCAACA
chrZ:44410669-44410683
CATGATAACAATCTGTGTCATGTAATTGAG44410669TTCATTGACAACATTTAAGTAATCCATAGCTCGTTTCCATTGTTC

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/melGal5/AATGTTGTCAATGAA
lang : ja | db : melGal5 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AATGTTGTCAATGAA | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.083 | 0.074 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28775/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.088 | 0.005 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28775/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=46
0.089 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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