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データベース:

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 : 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 +方向のみ検索 -方向のみ検索

2024-03-28 17:57:20, GGGenome : Nile tilapia genome, Broad oreNil1.1/oreNil2 (Jan, 2011)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます(ミスマッチ挿入欠失

chrLG1:23155138-23155152
TACTTACTTTTATCACCTGAGCATTGCTTG23155138AATGTTGTCAATGAATAATTGCTTCTAATCAGTTAAAGCAGCTCT
chrLG5:16877472-16877486
GTTGTCACATGAACTAAGGCTAACTTTCAC16877472AATGTTGTCAATGAAATGATCAAAGGTCACTCCAACATGGACTGT
chrLG12:20941738-20941752
CACACGGGTAGCATACAAGGTTTTTGTCTG20941738AATGTTGTCAATGAATCACTATTGGATCAGATTAGTGCATGCTTT
GL831294-1:1650426-1650440
TCTGGCCATTATGTGAAGTCAAAGACACTC1650426AATGTTGTCAATGAAGGACGCCTTTAAAAATCTTTAACACTATTA
chrLG1:14435814-14435828
GATATATTTAAATTCAGTTAATGAAAAATG14435814TTCATTGACAACATTTCCAAGCCCACAATATTTCTTCCTGCCTAC
chrLG5:12981992-12982006
AATTCTTTGTTGCCTTTCACTTCAGGAAGC12981992TTCATTGACAACATTAATAGTCTCTGGGATCTCCAACCAATGATT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/ja/oreNil2/AATGTTGTCAATGAA
lang : ja | db : oreNil2 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AATGTTGTCAATGAA | format : html | download : | debug :

0.008 | 0.008 | search_start;
0.080 | 0.072 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28080/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.085 | 0.004 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28080/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=46
0.085 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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