GGGenome | Results

Help | English

データベース：
ミスマッチ/ギャップを許容ミスマッチのみ許容：塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索＋方向のみ検索－方向のみ検索

2024-11-23 18:54:38, GGGenome : Rat genome, RGSC Rnor_6.0/rn6 (Jul, 2014)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

chr2
position: 41926733-41926747

TTTTCAAAATCTTTTGCCTGTATAGACTTT41926733TTCATTGACAACATTAAACTGTATGACATGCAAAAAATAACAGGT

chr2
position: 57234252-57234266

CCTCTCCCATTTACATTTAGTTTTAAGTAA57234252TTCATTGACAACATTTTTTGCATTGTTCAGCCCTTTACCTGTATT

chr2
position: 60329867-60329881

CTGAACTTTCACCATAACAACCCATTAGGT60329867TTCATTGACAACATTCTATGGCAGCTATAGACCCCAACTCCAAAT

chr2
position: 91373041-91373055

TGAATGAAAGGTCAGAGTTCAAGGTGTGAT91373041TTCATTGACAACATTAAATATTTACTGAATCTTAAATCTTATCCT

chr4
position: 160096536-160096550

AAACTGCGCTAAGCAAGACGGTATGGTATT160096536TTCATTGACAACATTAAAGAAAATAGAGAGATAGACACTCGTGTG

chr14
position: 32365434-32365448

GAAGCTAATAGTGCAATCGCCATGGTCTCC32365434TTCATTGACAACATTAACAGCTGTAATAAAATCAAGATATTGGCA

chr18
position: 24697076-24697090

ACATTCCTTACTCCTCTGACAGCAGTTTCT24697076TTCATTGACAACATTCAGGCTATCAGGCCTGATGTTGAGGTCCTT

chr2
position: 239732088-239732102

ATACCAAGTAAAAAAACAAAAAAACAAAAA239732088AATGTTGTCAATGAAGGTGTGGAAGAAAATTTTCCAAACCTAGTG

chr3
position: 31282717-31282731

CTACTTATTCATTCATGTATGTGGGTTTCA31282717AATGTTGTCAATGAACACTGCTGCTTCATCGAACACATGAAAAAT

chr5
position: 97952035-97952049

CATTGTCAACAGTTATACATTTGAAACTTT97952035AATGTTGTCAATGAAATAGATCTGTTCATCAAATAATCTGAAAAA

chr5
position: 98026329-98026343

CATTGTCAACAGTTATACATTTGAAACTTT98026329AATGTTGTCAATGAAATAGATCTGTTCATCAAATAATCTGAAAAA

chr6
position: 69203225-69203239

CCATAGATTAGTCATAGATAGCAGCTACTA69203225AATGTTGTCAATGAAGTTTCTACACAAATGGTAATTAGGCAATTT

chr7
position: 112621412-112621426

TCTCTTATGTATCCATTGTCCAATTTCTAG112621412AATGTTGTCAATGAACTGTGTCTTTGAGGCAGTTTCTTTTTGAGC

chr11
position: 80854350-80854364

TTATTCTCTTTAAAATTCACCACAAGGAAA80854350AATGTTGTCAATGAAAATTTAACAATAAGAAAAGAAGGTAAAAAC

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

タブ区切りテキスト → 表示 | ダウンロード
エクセル等の表計算ソフトに直接コピペできます。
CSV形式 → 表示 | ダウンロード
エクセル等の表計算ソフトにて開くことができます。
BED形式 → リンク | ダウンロード
GFF形式 → リンク | ダウンロード
JSON形式 → リンク | ダウンロード

Debug Info:

0.009 | 0.009 | search_start;
0.079 | 0.070 | search_plus_done; http://172.18.8.75:28872/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.087 | 0.008 | search_minus_done; http://172.18.8.75:28872/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=43
0.091 | 0.005 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).