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データベース:

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 : 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 +方向のみ検索 -方向のみ検索

2021-10-26 01:50:31, GGGenome : Xenopus tropicalis genome, XenBase/JGI 9.0

Summary:

Results:

検索語に色がつきます(ミスマッチ挿入欠失

Chr02:
154760750-154760764
AGGGAGTGGTGTGTGGAACTGGTATTCCAG154760750TTCATTGACAACATTACCTTGAAATAAATGGGGTTTGGAGGCAGA
Chr07:
82563692-82563706
ACGGGCATCTGAAAATGTGAAAATACCACA82563692TTCATTGACAACATTGTATTGAGAAGTTTATAAAATAATGTGAAG
scaffold_61:
415813-415827
CACTCTCACAATATTCAATATTTTGGTTGC415813TTCATTGACAACATTATTCTTATATGGTCCGGTACCGATGAACAA
Chr01:
35421815-35421829
GGAGCGATTTGCACAGAAGAAACCTGGATA35421815AATGTTGTCAATGAACGCACAGTTGCAGTCATAACTGAACCCTAT
Chr04:
93421564-93421578
CCAATAGCTTTGGGAATGAGCAGTGTAAGC93421564AATGTTGTCAATGAAACAAAATTATACAGGCCAATAACTTATTAT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/ja/Xentr9/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : Xentr9 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug :

0.007 | 0.007 | search_start;
0.080 | 0.073 | search_plus_done; http://172.18.8.77:28227/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.086 | 0.005 | search_minus_done; http://172.18.8.77:28227/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=47
0.087 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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