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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-11-23 18:44:24, GGGenome : Elephant shark genome, Callorhinchus_milii-6.1.3/calMil1 (Dec, 2013)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

KI635857:5289376-5289390
ATTGACTGATTTTTATCCGAAGAATCTCAG5289376TTCATTGACAACATTTTTTCATTGCCCTACAACTGCTGCCTTTCC
KI635882:2234941-2234955
AAAAGTGTAAGAGAACTTTTTGCATTTTGT2234941TTCATTGACAACATTTTTGCCTAAGAGGAAATGGTTCTGTTGCCC
KI635900:4486157-4486171
CTCAAACCATTCAGATCCGGTCTTAAGTGT4486157TTCATTGACAACATTGGAACAAAACCTTCATTTCAAAGCTGGCTG
KI636071:376475-376489
AACTGAACATCCGAAACCTCCACATGGTTA376475TTCATTGACAACATTCTGTTCCCGAGTGTGCCATCTTGGAGTCAG
KI636423:6933-6947
CATTTCCGTTTATTCTAATTGTTAGATTAT6933TTCATTGACAACATTCGCCAGTGATGTATGTCTCTGTGTGACTGA
KI635857:16229534-16229548
CCGGGGGTAATAATCCCTTAAAAAAATGAT16229534AATGTTGTCAATGAATCCACGACTGTTTGTGGGACGCTGCTGTGC
KI635916:676130-676144
TCGGAAGAGCTCCTCGGCTCACTTTTAATG676130AATGTTGTCAATGAAAAGAATTTTGTTATCGATCGGAACCAAGAG

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/calMil1/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : calMil1 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.078 | 0.069 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28074/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.082 | 0.004 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28074/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=45
0.083 | 0.000 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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