GGGenome Help | English

データベース：
 

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-03 11:41:56, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Malus hybrid cultivar cultivar Flame chromosome 17.
CP141926.1:678179-678202
AGATTCTGATTGAAAACCCATTATTAAATT678179AATCTCCTGGTTTTGATACATTCAAATTAACCAACAATGCAGAAATTCAAATGG
Malus hybrid cultivar cultivar Flame chromosome 17.
CP141943.1:737016-737039
AGATTCTGATTGAAAACCCATTATTAAATT737016AATCTCCTGGTTTTGATACATTCAAATTAACCAACAATGCAGAATTTCAAATGG
Malus x robusta genome assembly, chromosome: 11.
OY720335.1:742879-742902
AGATTCTGATTGAAAACCCATTATTAAATT742879AATCTCCTGGTTTTGATACATTCAAATTAACCAACAATGCAGAAATTCAAATGG
Pyrus communis genome assembly, chromosome: 11.
OY757078.1:630839-630862
AGATTCTGATTGAAAACCCATTATTAAATT630839AATCTCCTGGTTTTGATACATTCAAACCAACAATGCAGAAATTCAAATGGAAGT
Malus hybrid cultivar cultivar Royalty chromosome 17.
CP141969.1:33170788-33170811
CCATTTGAATTTCTGCATTGTTGGTTAATT33170788TGAATGTATCAAAACCAGGAGATTAATTTAATAATGGGTTTTCAATCAGAATCT
Malus hybrid cultivar cultivar Royalty chromosome 17.
CP141986.1:34036443-34036466
CCATTTGAAATTCTGCATTGTTGGTTAATT34036443TGAATGTATCAAAACCAGGAGATTAATTTAATAATGGGTTTTCAATCAGAATCT
Malus hybrid cultivar cultivar SH6 chromosome 17.
CP143374.1:33521996-33522019
CCATTTGAAATTCTGCATTGTTGGTTAATT33521996TGAATGTATCAAAACCAGGAGATTAATTTAATAATGGGTTTTCAATCAGAATCT
Malus hybrid cultivar cultivar SH6 chromosome 17.
CP143391.1:31132120-31132143
CCATTTGAATTTCTGCATCGTTGGTTAATT31132120TGAATGTATCAAAACCAGGAGATTAATTTAATAATGGGTTTTCAATCAGAATCT
Malus sylvestris genome assembly, chromosome: 17.
OU696519.1:33120774-33120797
CCATTTGAAATTCTGCATTGTTGGTTAATT33120774TGAATGTATCAAAACCAGGAGATTAATTTAATAATGGGTTTTCAATCAGAATCT
Malus domestica genome assembly, chromosome: 17.
OU696693.1:33386668-33386691
CCATTTGAAATTCTGCATTGTTGGTTAATT33386668TGAATGTATCAAAACCAGGAGATTAATTTAATAATGGGTTTTCAATCAGAATCT
Malus domestica genome assembly, chromosome: 17.
OU744558.1:34110722-34110745
CCATTTGAAATTCTGCATTGTTGGTTAATT34110722TGAATGTATCAAAACCAGGAGATTAATTTAATAATGGGTTTTCAATCAGAATCT
Malus domestica genome assembly, chromosome: 17.
OU744969.1:33125648-33125671
CCATTTGAAATTCTGCATTGTTGGTTAATT33125648TGAATGTATCAAAACCAGGAGATTAATTTAATAATGGGTTTTCAATCAGAATCT
Malus domestica genome assembly, chromosome: 17.
OU745007.1:33268044-33268067
CCATTTGAAATTCTGCATTGTTGGTTAATT33268044TGAATGTATCAAAACCAGGAGATTAATTTAATAATGGGTTTTCAATCAGAATCT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/AATCTCCTGGTTTTGATACATTCA
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AATCTCCTGGTTTTGATACATTCA | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.186 | 0.177 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=AATCTCCTGGTTTTGATACATTCA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.274 | 0.088 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=TGAATGTATCAAAACCAGGAGATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=46
0.280 | 0.006 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).