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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-05 18:54:52, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Sus scrofa scrofa breed NS chromosome 8.
CP071559.1:7461521-7461540
GTCCCCTTGGGTAGGGCCCCCCCCCAAACT7461521ACCTGCTGCTCTGGTTCAATTCAGATCATGTTCAGCATTCATTCAATAAA
Sus scrofa genome assembly, chromosome: 8.
OY997215.1:7316768-7316787
CCCTTGGGTAGGGCCCCCCCCCCCCAAACT7316768ACCTGCTGCTCTGGTTCAATTCAGATCGTGTTCAGCATTCATTCAATAAA
Acipenser ruthenus genome assembly, chromosome: 20.
OV737701.1:19023248-19023267
CTTTATTTTATGGGACTCCTCTCGGACACT19023248ACCTGCTGCTCTGGTTCAATGCAGGGGTGCATGGGATCAGTGTTTTGATT
Acipenser ruthenus genome assembly, chromosome: 20.
OV754628.1:18526902-18526921
CTTTATTTTATGGGACTCCTCTCGGACACT18526902ACCTGCTGCTCTGGTTCAATGCAGGGGTGCATGGGATCAGTGTTTTGATT
Porphyra yezoensis cDNA, clone:PF023b04_r, 5'end.
AU188224.1:329-348
CTATCGCTTTCTCCGTGTTTTTCTCCCTCA329ACCTGCTGCTCTGGTTCAATGGCTCTACGGGAGCAGTACCGTTCCTTACG
Camelina hispida cultivar hispida voucher DAO 902780 chromosome 1.
CP094631.1:34018240-34018259
GTGTACATGTCAACAATATCTTGCTGCACC34018240ACCTGCTGCTCTGGTTCAATGTTCACTGTCAGAACCGGTTTCACAACTGC
AU_BAC097B1D07_Sp6 CHORI212 Ictalurus punctatus genomic 3', genomic survey sequence.
FI896906.1:90-109
GTATTTTTTGCGTGTAATTAATGTTGGCCT90ATTGAACCAGAGCAGCAGGTAAAAGCAGAGACGAGTGACCGGACGATCAC

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/ACCTGCTGCTCTGGTTCAAT
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : ACCTGCTGCTCTGGTTCAAT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.367 | 0.358 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=ACCTGCTGCTCTGGTTCAAT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.530 | 0.163 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=ATTGAACCAGAGCAGCAGGT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=44
0.531 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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