GGGenome Help | English

データベース：
 

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-03 14:17:46, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

KS14007B12 KS14 Capsicum annuum cDNA, mRNA sequence.
GD058064.1:277-296
GTCCCTAAATTTCCTAGATGAGACTGAAGA277AGTGCCGAGATTAGAGCCAATGTATTGAACCACTTGACCAGTATATATAT
KS25041K21 KS25 Capsicum annuum cDNA, mRNA sequence.
GD127522.1:106-125
ATATATATACTGGTCAAGTGGTTCAATACA106TTGGCTCTAATCTCGGCACTTCTTCAGTCTCATCTAGGAAATTTAGGGAC
TSA: Capsicum annuum MGMT_Contig4194, mRNA sequence.
JW054438.1:24-43
TACTGGTCAAGTGGTTCAATACA24TTGGCTCTAATCTCGGCACTTCTTCAGTCTCATCTAGGAAATTTAGGGAC
Fusarium falciforme strain Fu3.1 chromosome 2.
CP104051.1:3286498-3286517
CAAGGTGCTATCACCAGGCAGCGGAATACA3286498TTGGCTCTAATCTCGGCACTATCAGTCTAGACTCGAGTCAACTCACGGCA
Capsicum annuum cultivar G1-36576 isolate CaT2T chromosome 10.
CP124722.1:148601753-148601772
ATATATATACTGGTCAAGTGGTTCAATACA148601753TTGGCTCTAATCTCGGCACTTCTTCAGTCTCATCTAGGAAATTTAGGGAC

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/AGTGCCGAGATTAGAGCCAA
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AGTGCCGAGATTAGAGCCAA | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.238 | 0.229 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=AGTGCCGAGATTAGAGCCAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.444 | 0.206 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=TTGGCTCTAATCTCGGCACT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=49
0.447 | 0.003 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).