GGGenome Help | English

データベース：
 

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-03 12:08:27, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Geotrypetes seraphini genome assembly, chromosome: 4.
LR699149.1:100187852-100187871
TGGTTTAATATTTGTAAAAACAGAAATGAA100187852ATGGAACAAGTGGCAAAAGGTCAACAAGACAAAAAATATGAAACAAAATG
Scyliorhinus canicula genome assembly, chromosome: 17.
LR744046.1:70227000-70227019
GGACAGGACAGATTAAACCACAGAACTGTC70227000ATGGAACAAGTGGCAAAAGGAGTGGTAGTCTGGAATACATCTTAAATGGC
Trachurus trachurus genome assembly, chromosome: 1.
LR991628.1:33779594-33779613
GAAGTTGAAGGGCCAACACTCACAAAATGT33779594CCTTTTGCCACTTGTTCCATTAAAGCTACCTAAAGGACATTTTGTGAGTG
Arachis hypogaea cultivar Shitouqi chromosome B05.
CP030997.1:9389453-9389472
GTATCCACCATGTTAAAATAGTTATCGGAG9389453CCTTTTGCCACTTGTTCCATGGAATACTACACACCAAAACAACAGTACTT
Arachis ipaensis cultivar K30076 chromosome 05.
CP049896.1:15612244-15612263
GTATCCACCATGTTAAAATAGTTATCGGAG15612244CCTTTTGCCACTTGTTCCATGGAATACTACACACCAAAACAACAGTACTT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/ATGGAACAAGTGGCAAAAGG
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : ATGGAACAAGTGGCAAAAGG | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.134 | 0.126 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=ATGGAACAAGTGGCAAAAGG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.186 | 0.051 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CCTTTTGCCACTTGTTCCAT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=48
0.188 | 0.002 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).