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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-03 12:43:47, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

KS19017C07 KS19 Capsicum annuum cDNA, mRNA sequence.
GD088905.1:81-101
TATTGGTGGTATTTTAATTATGTGTGCTTT81CAAAACAATTTGCATGGTGTGTAATTAATACCCATCTACGCACCTTATGGT
KS19022C06 KS19 Capsicum annuum cDNA, mRNA sequence.
GD089351.1:512-532
TATTGGTGGTATTTTAATTATGTGTGCTTT512CAAAACAATTTGCATGGTGTGTAATTAATACCCATCTACGCACCTTATGGT
KS19039G11 KS19 Capsicum annuum cDNA, mRNA sequence.
GD090945.1:243-263
TATTGGTGGTATTTTAATTATGTGTGCTTT243CAAAACAATTTGCATGGTGTGTAATTAATACCCATCTACGCACCTTATGGT
Capsicum annuum Takanotsume DNA, chromosome 8, sequence.
AP026703.1:114049511-114049531
TATTGGTGGTATTTTAATTATGTGTGCTTT114049511CAAAACAATTTGCATGGTGTGTAATTAATACCCATCTACGCACCTTATGGT
Capsicum annuum cultivar G1-36576 isolate CaT2T chromosome 8.
CP124724.1:127357783-127357803
TATTGGTGGTATTTTAATTATGTGTGCTTT127357783CAAAACAATTTGCATGGTGTGTAATTAATACCCATCTACGCACCTTATGGT
Pseudoips prasinana genome assembly, chromosome: 6.
OX621240.1:36888125-36888145
GTATTTTACAACACTTAAATTATGTCTGTT36888125CAAAACAATTTGCATGGTGTGATCTCCTATAATTAAAGATGCATAGGAACT
Oxycera nigricornis genome assembly, chromosome: 5.
OZ012663.1:101330924-101330944
GATTAATTGATACGTTTATTTTTCAATTAA101330924CAAAACAATTTGCATGGTGTGTTATTGATATTCTGATTGGCTACAGTAGAA
TSA: Capsicum annuum CM_MegaContig_33539 mRNA sequence.
JW105763.1:44-64
ACCATAAGGTGCGTAGATGGGTATTAATTA44CACACCATGCAAATTGTTTTGAAAGCACACATAATTAAAATACCACCAATA
Capsicum rhomboideum cultivar Andean isolate CrT2T chromosome 2.
CP124718.1:7586903-7586923
TATAAGGTACGTAGATGAGTATTAATATTA7586903CACACCATGCAAATTGTTTTGAAAGCACACATAATTAAAATACGAGCAATA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/CAAAACAATTTGCATGGTGTG
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : CAAAACAATTTGCATGGTGTG | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.443 | 0.434 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CAAAACAATTTGCATGGTGTG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.565 | 0.122 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CACACCATGCAAATTGTTTTG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=43
0.567 | 0.002 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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