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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-04 11:53:00, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Coregonus sp. 'balchen' genome assembly, chromosome: 32.
LR778284.1:30950276-30950295
TCATCTATTGATCTTTTACTTCTTATTAGT30950276CAGATGCCAACCCACAAACATTTTTTTAAGGGGTAGATCAGCTTTAATAT
Pyrus communis genome assembly, chromosome: 3.
OY757070.1:18707905-18707924
AAGGCAACTAGCGAAAAGCCGAAGAACAGA18707905CAGATGCCAACCCACAAACAATGGAGGTCCATGAATTCGGAACCACGAAA
TSA: Pyrus pyrifolia mRNA, contig: contig_25389.
FX402803.1:98-117
TTTCGTGGTTCCGAATTCATGGACCTCCAT98TGTTTGTGGGTTGGCATCTGTCTGTTCTTCGGCTTTTCGCTAGTCGCCTT
TSA: Pyrus x bretschneideri Unigene60552_XinShao mRNA sequence.
JR648719.1:58-77
TTTCGTGGTTCCGAATTCATGGACCTCCAT58TGTTTGTGGGTTGGCATCTGTCTGTTCTTCGGCTTTTCGCTAGTTGCCTT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/CAGATGCCAACCCACAAACA
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : CAGATGCCAACCCACAAACA | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.164 | 0.155 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CAGATGCCAACCCACAAACA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.276 | 0.112 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=TGTTTGTGGGTTGGCATCTG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=48
0.277 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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