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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-13 04:18:22, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

BOT01-37J2TF BOT01 Brassica oleracea genomic clone BOT01-37J2, genomic survey sequence.
FI700687.1:386-406
GTTGTAAGTAAGCTTTGATTTTTGTATATA386CATTGGTTGGTGAATTGACAGTTATAATGTTCTATTGTATCAGTCGATGGA
Brassica napus cultivar Xiang5A chromosome 10.
CP123885.1:14176861-14176881
ATTGTACGAAAGCTTTGATTTTTGTATATA14176861CATTGGTTGGTGAATTGACAGTTATACTGTTCTATTGAATCAATCGATGGA
Brassica napus genome assembly, chromosome: A06.
HG994360.1:12729547-12729567
ATTGTACGAAAGCTTTGATTTTTGTATATA12729547CATTGGTTGGTGAATTGACAGTTATACTGTTCTATTGAATCAATCGATGGA
Brassica napus genome assembly, chromosome: C03.
HG994367.1:50769056-50769076
GTTGTAAGTAAGCTTTGATTTTTGTATATA50769056CATTGGTTGGTGAATTGACAGTTATAATGTTCTATTGTATCAGTCGAATGA
Brassica oleracea HDEM genome, scaffold: C3.
LR031872.1:51150798-51150818
GTTGTAAGTAAGCTTTGATTTTTGTATATA51150798CATTGGTTGGTGAATTGACAGTTATAATGTTCTATTGTATCAGTCGAATGA
Brassica napus cultivar Xiang5A chromosome 18.
CP123893.1:23801815-23801835
TCATTCGACTGATACAATAGAACATTATAA23801815CTGTCAATTCACCAACCAATGTATATACAAAAATCAAAGCTTACTTACAAC

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/CATTGGTTGGTGAATTGACAG
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : CATTGGTTGGTGAATTGACAG | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.382 | 0.374 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CATTGGTTGGTGAATTGACAG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.478 | 0.096 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CTGTCAATTCACCAACCAATG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=45
0.479 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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