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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-03 13:11:14, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Dianthus caryophyllus mRNA, clone: CES08K01, 5' end sequence.
FY385360.1:516-535
TAAATGATAGGACGTCGATGAAGATGGGAA516GTGAAGATCTGAGCAAGGGGTTCATCAACAATAATATGTGGTTGAATGAC
Dianthus caryophyllus mRNA, clone: CFES02M03, 5' end sequence.
FY394834.1:525-544
TAAATGATAGGACGTCGATGAAGATGGGAA525GTGAAGATCTGAGCAAGGGGTTCATCAACAATAATATGTGGTTGAATGAC
TSA: Dianthus caryophyllus mRNA, contig: CAK09.647.C1.
FX297863.1:537-556
TAAATGATAGGACGTCGATGAAGATGGGAA537GTGAAGATCTGAGCAAGGGGTTCATCAACAATAATATGTGGTTGAATGAC
Thlaspi arvense genome assembly, chromosome: 2.
OU466858.1:37777196-37777215
CGACGTTGACGGAGACGATGGCAGTTGCGG37777196GTGAAGATCTGAGCAAGGGGTCATCTTTCTGCGATGAGGGGAATTCTGTA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/CCCCTTGCTCAGATCTTCAC
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : CCCCTTGCTCAGATCTTCAC | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.164 | 0.155 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CCCCTTGCTCAGATCTTCAC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.393 | 0.229 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GTGAAGATCTGAGCAAGGGG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.396 | 0.003 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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