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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-05 17:28:55, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Porphyra yezoensis cDNA, clone:PF030f06_r, 5'end.
AU188808.1:111-130
TCTCCCCTTTCTTCCGCATTCCTCCCGTCT111CCTTTCGCACTCTTTTGTCCAGTCCAGCAGCGGCTACCGCGCCGGTCTGG
Porphyra yezoensis cDNA, clone:PF039a04_r, 5'end.
AU189427.1:40-59
TCTCCCCTTTCTTCCGCATTCCTCCCGTCT40CCTTTCGCACTCTTTTGTCCAGTCCAGCAGCGGCTACCGCGCCGGTCTGG
Porphyra yezoensis cDNA clone:PM056a09_r, 5' end.
AV435340.1:127-146
TCTCCCCTTTCTTCCGCATTCCTCCCGTCT127CCTTTCGCACTCTTTTGTCCAGTCCAGCAGCGGCTACCGCGCCGGTCTGG
Antiaris toxicaria isolate JCLG002 chromosome 2.
CP141154.1:87391678-87391697
CGTTAACCACTTTTTCAATTCTCAAAAGCT87391678CCTTTCGCACTCTTTTGTCCATTCATACTTCCTCTCCTTGGATGTAAGAG
Antiaris toxicaria isolate JCLG002 chromosome 2.
CP141167.1:76243507-76243526
CGTTAACCACTTTTTCAATTCTCAAAAGCT76243507CCTTTCGCACTCTTTTGTCCATTCATACTTCCTCTCCTTGGATGTAAGAG
Antiaris toxicaria isolate JCLG002 chromosome 5.
CP141170.1:5536342-5536361
CGTTGACTGCTTTTTCAGTTCTCGAAAGCT5536342CCTTTCGCACTCTTTTGTCCATTCATACTTCCTCTCTTTGCGTGTAAAAG
Ectemnius continuus genome assembly, chromosome: 14.
OU342868.1:7753482-7753501
TCTTGGAAGGTAATCCAGGTGTTATGATTT7753482CCTTTCGCACTCTTTTGTCCACCGAATGCCATACTGTAATGGGCATTTTG

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/CCTTTCGCACTCTTTTGTCC
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : CCTTTCGCACTCTTTTGTCC | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.392 | 0.383 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CCTTTCGCACTCTTTTGTCC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.507 | 0.115 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GGACAAAAGAGTGCGAAAGG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=43
0.507 | 0.000 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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