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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-07 22:35:08, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Brassica napus cultivar Xiang5A chromosome 1.
CP123876.1:6350207-6350226
TGTAAATCACTCTTATATTTAAGGTGTAAA6350207CGGTGTGTAGGTCTGCTCAAAACTCAGGTTGGGTGCAGCTTCGACTGCAA
Brassica napus genome assembly, chromosome: A02.
HG994356.1:6082758-6082777
GGTTAAGGGGCATTATATTTAAGGTGTAAA6082758CGGTGTGTAGGTCTGCTCAAAACTCAGGTTGGGTGCAGCTTCGACTGCAA
Brassica napus genome assembly, chromosome: C02.
HG994366.1:8579622-8579641
GGTTAAGGGGCATTATATTTAAGGTGTAAA8579622CGGTGTGTAGGTCTGCTCAAAACTCAGGTTGGGTGCAGCTTCGACTGAAA
Brassica rapa genome, scaffold: A02.
LR031573.1:5967952-5967971
TGTAAATCACTCTTATATTTAAGGTGTAAA5967952CGGTGTGTAGGTCTGCTCAAAACTCAGGTTGGGTGCAGCTTCGACTGCAA
Brassica oleracea HDEM genome, scaffold: C2.
LR031874.1:10141148-10141167
GGTTAAGGGGCATTATATTTAAGGTGTAAA10141148CGGTGTGTAGGTCTGCTCAAAACTCAGGTTGGGTGCAGCTTCGACTGTAA
Brassica rapa genome assembly, chromosome: A02.
LS974618.2:6137712-6137731
TGTAAATCACTCTTATATTTAAGGTGTAAA6137712CGGTGTGTAGGTCTGCTCAAAACTCAGGTTGGGTGCAGCTTCGACTGCAA
KBrB132J09F KBrB, Brassica rapa BamHI BAC library Brassica rapa subsp. pekinensis genomic clone KBrB132J09, genomic survey sequence.
ED538850.1:97-116
TTGCAGTCGAAGCTGCACCCAACCTGAGTT97TTGAGCAGACCTACACACCGTTTACACCTTAAATATAATGCCCCTTAACC
Brassica napus cultivar Xiang5A chromosome 9.
CP123884.1:58082861-58082880
TTTCAGTCGAAGCTGCACCCAACCTGAGTT58082861TTGAGCAGACCTACACACCGTTTACACCTTAAATATAATGCCCCTTAACC

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/CGGTGTGTAGGTCTGCTCAA
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : CGGTGTGTAGGTCTGCTCAA | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.358 | 0.349 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CGGTGTGTAGGTCTGCTCAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.471 | 0.113 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=TTGAGCAGACCTACACACCG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=44
0.473 | 0.002 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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