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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-04 12:14:46, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Malus hybrid cultivar cultivar Flame chromosome 1.
CP141910.1:41704122-41704142
CTCATCATGTCAAATAGAACTCCTGTGTGT41704122CTCTTGAGCAGGCTTAGTTGGTAATTGTACTTGTTTTATCATAAGTAACAA
Malus hybrid cultivar cultivar Royalty chromosome 1.
CP141953.1:29419663-29419683
CTCATCATGTCAAATAGAACTCCTGTGTGT29419663CTCTTGAGCAGGCTTAGTTGGTAATTGTACTTGTTTTATCATAAGTAACAA
Malus hybrid cultivar cultivar Royalty chromosome 1.
CP141970.1:31173616-31173636
CTCATCATGTCAAATAGAACTCCTGTGTGT31173616CTCTTGAGCAGGCTTAGTTGGTAATTGTACTTGTTTTATCATAAGTAACAA
Malus hybrid cultivar cultivar SH6 chromosome 1.
CP143375.1:29338027-29338047
CTCATCATGTCCAATAGAACTCCTGTGTGT29338027CTCTTGAGCAGGCTTAGTTGGTAATTGTACTTGTTTTATCATAAGTAACAA
Malus x robusta genome assembly, chromosome: 12.
OY720336.1:2568953-2568973
TTGTTACTTATGATAAAACAAGTACAATTA2568953CCAACTAAGCCTGCTCAAGAGACACACAGGAGTTCTATTTGACATGATGAG
Crataegus laevigata genome assembly, chromosome: 14.
OY756951.1:2856354-2856374
TTGTTACTTATGATAAAACAAGTACAATTA2856354CCAACTAAGCCTGCTCAAGAGACACACAGGAGTTCTATTGGACATGATGAG
Pyrus communis genome assembly, chromosome: 16.
OY757083.1:2215602-2215622
TGTTACTTCATGATAAAACAAGTACAATTA2215602CCAACTAAGCCTGCTCAAGAGACACACAGGAGTTCTATTGGACATGATGAG

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/CTCTTGAGCAGGCTTAGTTGG
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : CTCTTGAGCAGGCTTAGTTGG | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.192 | 0.183 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CTCTTGAGCAGGCTTAGTTGG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.292 | 0.100 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CCAACTAAGCCTGCTCAAGAG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=46
0.294 | 0.002 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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