GGGenome Help | English

データベース:

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 : 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 +方向のみ検索 -方向のみ検索

2025-04-03 11:52:45, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます(ミスマッチ挿入欠失

Arachis hypogaea DNA, clone: AHGS40D23.
DH961622.1:32-51
CACAGTTGAGAGTTAGTTACAATTAAGTTA32GAATCTGCTGTGGACCGTCTCAAGTTAGTTAGAGTAAGCTAGCCTCTAGA
Arachis hypogaea cultivar Shitouqi chromosome B04.
CP030996.1:133789632-133789651
CACAGTTGAGAGTTAGTTACAATTAAGTTA133789632GAATCTGCTGTGGACCGTCTCAAGTTAGTTAGAGTAAGCTAGCCTCTAGA
Arachis hypogaea cultivar Shitouqi chromosome B04.
CP030996.1:125915151-125915170
TCTAGAGGCTAGCTTACTCTAACTAACTTG125915151AGACGGTCCACAGCAGATTCCAACTTAATTGTAACTAACTCTCAACTGTG
Arachis ipaensis cultivar K30076 chromosome 04.
CP049895.1:138706079-138706098
TCTAGAGGCTAGCTTACTCTAACTAACTTG138706079AGACGGTCCACAGCAGATTCCAACTTAATTGTAACTAACTCTCAACTGTG

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/GAATCTGCTGTGGACCGTCT
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : GAATCTGCTGTGGACCGTCT | format : html | download : | debug :

0.009 | 0.009 | search_start;
0.290 | 0.281 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GAATCTGCTGTGGACCGTCT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.377 | 0.087 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=AGACGGTCCACAGCAGATTC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=48
0.379 | 0.002 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).