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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-03 15:08:36, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Seq_sg_23-M02.f MAMB Musa acuminata subsp. malaccensis genomic, genomic survey sequence.
HN251310.1:304-323
CTTCTCCCTTAATCTCGTACTCCGACAGGA304GAGCGCTTAGGCTTCTCTCAGACAACGCCTCTTATCCTCTTTCTTCCTTC
Musa acuminata subsp. malaccensis isolate AA chromosome 7.
CP126376.1:36135563-36135582
CGTCTCCCTTAATCTCGAACTCCGACAGGA36135563GAGCGCTTAGGCTTCTCTCAGACAACGCCTCTTATCCTCCTTCTTCCTTC
Musa acuminata subsp. malaccensis isolate AA chromosome 18.
CP126387.1:35992284-35992303
CGTCTCCCTTAATCTCGAACTCCGACAGGA35992284GAGCGCTTAGGCTTCTCTCAGACAACGCCTCTTATCCTCCTTCTTCCTTC
Musa acuminata subsp. malaccensis strain Doubled-haploid Pahang (DH-Pahang) genome assembly, chromosome: A07.
HG996473.1:37155429-37155448
CTTCTCCCTTAATCTCGTACTCCGACAGGA37155429GAGCGCTTAGGCTTCTCTCAGACAACGCCTCTTATCCTCTTTCTTCCTTC
Musa schizocarpa genome assembly, chromosome: S07.
LS990920.1:40924812-40924831
CGCCTCCCTTGATCTCGTACTCCGACAGGA40924812GAGCGCTTAGGCTTCTCTCAGACAACGCCTCTTATCCTCTTTCTTCCTTC
TSA: Musa acuminata AAA Group Unigene8588_NK1 mRNA sequence.
JV446376.1:283-302
GAAGGAAGAAAGAGGATAAGAGGCGTTGTC283TGAGAGAAGCCTAAGCGCTCTCTTCTCCTTCATCAGCCACATGTTGCGGC

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/GAGCGCTTAGGCTTCTCTCA
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : GAGCGCTTAGGCTTCTCTCA | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.194 | 0.185 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GAGCGCTTAGGCTTCTCTCA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.314 | 0.120 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=TGAGAGAAGCCTAAGCGCTC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=45
0.315 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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