GGGenome Help | English

データベース：
 

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-03 18:57:45, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

TSA: Euphorbia fischeriana EFI_002074 mRNA sequence.
JL055101.1:1695-1717
TGATTTTGGTATTCTTTATGGTTTTCAATG1695GCCTTGCCTTATTCAGCGTCTCTCATCCAGGCCTGGCGGACCTCCCAAACTTC
TSA: Hevea brasiliensis contig50648, mRNA sequence.
JT917246.1:1829-1851
TGATTTTGGTATTCTTTATGGTTTCCAATG1829GCCTTGCCTTATTCAGCGTCTCTCATCTAGGCCTGGTGGACCTCCCAAGCTTC
Euphorbia peplus chromosome 1.
CP110837.1:25819258-25819280
CGATTTCGGTATTCTATATGGTTTCCAATG25819258GCCTTGCCTTATTCAGCGTCTCTCATCCAGGCCGGGTGGACCTCCAAAACTTC
Mercurialis annua genome assembly, chromosome: LG8.
OW569318.1:39767487-39767509
TGATTTTGGTATTCTTTACGGATTCCAATG39767487GCCTTGCCTTATTCAGCGTCTCTCTTCCATGCCTGGTGGACCTCCCAAGTTGC
Hedera helix genome assembly, chromosome: 15.
OX359278.1:36070367-36070389
TGATTTTGGGATTCTTTATGGTTTCCAATG36070367GCCTTGCCTTATTCAGCGTCTCTCATCTAGACCAGGTGGGCCTCCCAAACTTC

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/GCCTTGCCTTATTCAGCGTCTCT
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : GCCTTGCCTTATTCAGCGTCTCT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.169 | 0.161 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GCCTTGCCTTATTCAGCGTCTCT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.241 | 0.072 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=AGAGACGCTGAATAAGGCAAGGC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=45
0.241 | 0.000 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).