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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-03 15:52:04, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Acrocephalus scirpaceus scirpaceus genome assembly, chromosome: 16.
OU383789.1:4584127-4584146
ATTAACTCAAAATGCTTTTTTTATGGAGAG4584127GGGAGGGTGGTAAAGGAGTGGTGGAAGTGTTTAATTTGTAGTAAGCAAGG
Psittacula echo genome assembly, chromosome: 16.
OY725436.1:460986-461005
GCCCAGGCTGAATCACAGCCAGAACCCAGG460986GGGAGGGTGGTAAAGGAGTGAGCCCACAGGGCTCTGCTGCCTGCAGCAGG
Cinclus cinclus genome assembly, chromosome: 20.
OY759697.1:5198023-5198042
ATCAACTCAAAATGCTTTTTTTATGGAAAT5198023GGGAGGGTGGTAAAGGAGTGGTGGAAGTGCTTAGTTTGTAGTATGTCAGG
Solanum melongena mRNA, clone: SmFL10P22, 3'end.
FS073498.1:58-77
TCATATGCAGCGCCTATCTAAGGCGTATGG58GGGAGGGTGGTAAAGGAGTGAAAGAATTACAACAATAATACACAAGTTGA
Anisus vortex genome assembly, chromosome: 4.
OX421495.1:52029908-52029927
TGGATGGGTGGTATTAATTAATATGGGGGT52029908GGGAGGGTGGTAAAGGAGTGTCTTCATAAATTGTTCAATCATACACTGAC
Solanum melongena mRNA, clone: SHT04D01, 5'end, expressed in shoot at 7d after germination.
FS064999.1:284-303
TCAACTTGTGTATTATTGTTGTAATTCTTT284CACTCCTTTACCACCCTCCCCCATACGCCTTAGATAGGCGCTGCATATGA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/GGGAGGGTGGTAAAGGAGTG
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : GGGAGGGTGGTAAAGGAGTG | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.251 | 0.242 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GGGAGGGTGGTAAAGGAGTG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.399 | 0.148 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CACTCCTTTACCACCCTCCC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=45
0.400 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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