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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-16 13:10:02, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Capricornis sumatraensis isolate serow.1 chromosome 4.
CP135629.1:159701637-159701656
GTGTATTTACCGGCGATTCAGCCGTCTCCA159701637GGTACTTGCCCAAGAGATGCGAAGCCTGTGTCTGCACAGACACCGGTACA
Cucumis melo subsp. agrestis EST, clone AI_09-G02-M13R.
AM714605.2:430-449
GGTTCAGGTGGTAATAGTTCAACGGGCGGA430GGTACTTGCCCAAGAGATGCTCTCAAGATAGGTGTATGTGCTAGAGTGCT
Cucumis melo subsp. agrestis EST, clone AI_13-E05-M13R.
AM716014.2:433-452
GGTTCAGGTGGTAATAGTTCAACGGGCGGA433GGTACTTGCCCAAGAGATGCTCTCAAGATAGGTGTATGTGCTAGAGTGCT
MC224 Melon Lambda Zap Express Library Cucumis melo cDNA clone MC224 5', mRNA sequence.
CF674925.1:34-53
GGTTCAGGTGGNAATAGTTCAACGGGCGGA34GGTACTTGCCCAAGAGATGCTCTCAAGATAGGTGTATGTGCTAGAGTGCT
EST11043229 PFLP2 library Cucumis melo cDNA clone DA10YN23FM1, mRNA sequence.
JG501516.1:428-447
GGTTCAGGTGGTAATAGTTCAACGGGCGGA428GGTACTTGCCCAAGAGATGCTCTCAAGATAGGTGTATGTGCTAGAGTGCT
EST11052725 VFTP2 library Cucumis melo cDNA clone HA9YK15FM1, mRNA sequence.
JG511012.1:452-471
GGTTCAGGTGGTAATAGTTCAACGGGCGGA452GGTACTTGCCCAAGAGATGCTCTCAAGATAGGTGTATGTGCTAGAGTGCT
EST11093731 SFLP2 library Cucumis melo cDNA clone FA1YL16FM1, mRNA sequence.
JG552018.1:446-465
GGTTCAGGTGGTAATAGTTCAACGGGCGGA446GGTACTTGCCCAAGAGATGCTCTCAAGATAGGTGTATGTGCTAGAGTGCT
Cucumis melo isolate PI 511890 chromosome 6.
CP136105.1:33293957-33293976
GGTTCAGGTGGTAATAGTTCAACGGGCGGA33293957GGTACTTGCCCAAGAGATGCTCTCAAGATAGGTGTATGTGCTAGAGTGCT
Cucumis melo genomic chromosome, chr_6.
LN713260.1:33519348-33519367
GGTTCAGGTGGTAATAGTTCAACGGGCGGA33519348GGTACTTGCCCAAGAGATGCTCTCAAGATAGGTGTATGTGCTAGAGTGCT
Cucumis melo genomic scaffold, anchoredscaffold00021.
LN681860.1:2420493-2420512
AGCACTCTAGCACATACACCTATCTTGAGA2420493GCATCTCTTGGGCAAGTACCTCCGCCCGTTGAACTATTACCACCTGAACC

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/GGTACTTGCCCAAGAGATGC
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : GGTACTTGCCCAAGAGATGC | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.777 | 0.768 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GGTACTTGCCCAAGAGATGC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.885 | 0.109 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GCATCTCTTGGGCAAGTACC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=41
0.886 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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