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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-03 12:10:08, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

odh52d03.g1 B.oleracea002 Brassica oleracea genomic, genomic survey sequence.
BH959707.1:343-362
CATTCTTGTTTCTTGATTCTAACTGCATCT343GCTTCGCTCTTTGTGATTCACTCAGCTGAAGAAGCATCTTATCACTGCTA
Brassica oleracea lysine-ketoglutarate reductase/saccharopine dehydrogenase gene, partial cds.
AF191667.1:1331-1350
CATTCTTGTTTATTGATTCTAAGTCACTCT1331GCTTCGCTCTTTGTGATTCACTCAGCTGAAGAAGCATCTTATCACTGCTA
Brassica napus genome assembly, chromosome: C01.
HG994365.1:2898517-2898536
CATTCTTGTTTATTGATTCTAAGTCACTCT2898517GCTTCGCTCTTTGTGATTCACTCAGCTGAAGAAGCATCTTATCACTGCTA
Brassica oleracea HDEM genome, scaffold: C1.
LR031878.1:2845552-2845571
CATTCTTGTTTATTGATTCTAAGTCACTCT2845552GCTTCGCTCTTTGTGATTCACTCAGCTGAAGAAGCATCTTATCACTGCTA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/TGAATCACAAAGAGCGAAGC
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TGAATCACAAAGAGCGAAGC | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.172 | 0.163 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=TGAATCACAAAGAGCGAAGC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.270 | 0.099 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GCTTCGCTCTTTGTGATTCA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.273 | 0.003 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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