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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-03 15:18:16, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Ipomoea nil mRNA, clone: JMFN031H17, 5' end sequence, expressed in flower and flower bud, cultivar: Tokyo-kokei standard.
HY932629.1:227-249
TTTTTGCGCTAAATCATCTTGAATGTCCGC227TATCACCACCTTAGCTCCATGCCGGGAAAACAGCCTCGCTGCCTTCTCGCCGA
Ipomoea nil cDNA clone:jm27h15, 5' end, single read.
BJ559054.1:173-195
TCGGCGAGAAGGCAGCGAGGCTGTTTTCCC173GGCATGGAGCTAAGGTGGTGATAGCGGACATTCAAGATGATTTAGCGCAAAAA
Ipomoea nil mRNA, clone: jm49j01, 5' end sequence, expressed in flower and flower bud, cultivar: Tokyo-kokei standard.
HY926097.1:173-195
TCGGCGAGAAGGCAGCGAGGCTGTTTTCCC173GGCATGGAGCTAAGGTGGTGATAGCGGACATTCAAGATGATTTAGCGCAAAAA
Polytrichum commune genome assembly, chromosome: 2.
OX485804.1:33884830-33884852
CACGACGGGGGAATCTACGAGGAGATGGCG33884830GGCATGGAGCTAAGGTGGTGATATGACATGGGCAATAGGACAAAGTAAGATGA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/tatcaccaccttagctccatgcc
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : tatcaccaccttagctccatgcc | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.274 | 0.265 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=TATCACCACCTTAGCTCCATGCC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.486 | 0.212 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GGCATGGAGCTAAGGTGGTGATA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=49
0.489 | 0.002 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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